最適化関数を使用して、多くのデータフレームのリストを実行する方法を見つけようとしています。以下に示すコードで示すように、現在、データフレームごとに移動して、正しく機能させる必要があります。lapplyまたはforループを使用してこのプロセスを自動化する方法について何か助けはありますか？ありがとう。
# required library
library(dplyr)
A <- "Cheetah 1"
B <- 2018
C <- c(0, 9.14, 18.29, 36.58)
D <- c(.2, 1.71, 2.71, 4.52)
Measured <- as.data.frame(cbind(A, B, C, D))
colnames(Measured) <- c('Animal', 'Year', 'Length', 'Height')
H <- "Cheetah 2"
I <- 2018
J <- c(0, 9.14, 18.29, 36.58)
K <- c(.2, 1.78, 2.81, 4.61)
Measured2 <- as.data.frame(cbind(H, I, J, K))
colnames(Measured2) <- c('Animal', 'Year', 'Length', 'Height')
Measured3 <- rbind(Measured, Measured2)
Measured3 <- split(Measured3, Measured3$Animal)
Measured3 <- lapply(Measured3, function(x){
x %>%
mutate(Length = as.numeric(as.character(Length)),
Height = as.numeric(as.character(Height)))
})
#initialize values
Var1 = 15
Var2 = 5
x0 = c(Var1,Var2)
#define function to optimise: optim will minimize the output
f <- function(x, a, b) {
y=0
#variables will be optimise to find the minimum value of f
V_1 = x[1]
V_2 = x[2]
Predicted_X <- V_1 * (a - V_2 + V_2*exp(-a/V_2))
y = sum((Predicted_X - b)^2)
return(y)
}
Y <- optim(x0, f, a = Measured3$`Cheetah 1`$Height, b = Measured3$`Cheetah 1`$Length)
次のforループを使用して、簡単に修正できます。
nr_cheetahs <- length(Measured3)
optim_results <- vector("list", nr_cheetahs)
for (i in seq(1, nr_cheetahs)){
optim_results[[i]] <- optim(par=x0, fn=f, a=Measured3[[i]]['Height'], b=Measured3[[i]]['Length'])
}
# optim_results[[1]] provides the same result as your Y
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