forループの出力をパンダデータフレームに書き込む

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rshar

forループの出力をpandasデータフレームに書き込むにはどうすればよいですか？

入力データは、データフレーム（df_elements）のリストです。

[                          seq  score    status
1652  TGGCTTCGATTTTGTTATCGATG  -0.22  negative
1277  GTACTGTGGAATCTCGGCAGGCT   4.87  negative
302   CCAAAGTCTCACTTGTTGAGAAC  -4.66  negative
1756  TGGCGGTGGTGGCGGCGCAGAGC   1.55  negative
5043  TGACGAAACATCTTATAAAGGAA   1.96  negative
3859  CAGAGCTCTTCAAACTTAAGAAC  -0.39  negative
1937  GTATGCTTGTGCTTCTCCAAAAA  -0.91  negative
2805  GGCCGGCCTGTGGTCGACGGGGA  -3.26  negative
3353                CCGATGGGC  -1.97  negative
5352  ACTTACTATTTACTGATCAGCAC   3.53  negative
5901  TTGAGGCTCTCCTTATCCAGATT   6.37  negative
5790  AAGGAAACGTGTAATGATAGGCG  -2.69  negative,                           seq  score    status
2197  CTTCCATTGAGCTGCTCCAGCAC  -0.97  negative
1336  CCAAATGCAACAATTCAAAGCCC  -0.44  negative
4825                CAATTTTGT  -6.44  negative
4991  ATACTGTTTGCTCACAAAAGGAG   2.15  negative
1652  TGGCTTCGATTTTGTTATCGATG  -0.22  negative
1964  ACCACTTTGTGGACGAATACGAC  -4.51  negative
4443  TTCCTCGTCTAGCCTTTCAGTGC   3.05  negative
4208  TGGCTGTGAACCCCTATCAGCTG   2.70  negative
212   CTGTCGTTTCAATGTTTAAGATA   6.43  negative
775                 GCTTTAAGT   0.06  negative
3899                GAGCAAAGC  -6.61  negative

以下のforループの出力をデータフレームに書き込もうとしています。空のリスト（データ）を作成し、data.appendを使用して行ごとの出力を追加してみました。タイプ ""のオブジェクトを連結できないなどのエラーが発生します。

コンソールに出力を出力するコードを以下に示します。


cut_off = [0,1,2]

for co in cut_off:
    for df in df_elements:
        print co, "\t", str((df['score'] > co).sum())

コードは、cut_off値を列スコアと比較し、各データフレーム要素の合計を出力する必要があります。スコアはcut_offよりも大きくなります。

出力は次のようになります。

cutoff number
0   5  #for first dataframe element
0   5  #for second dataframe element

Neofytos Boufidis

# create empty lists for cutoff and number
cutoff_list = []
number_list = []

# loop through cutoff values and dataframes, to populate your lists
for co in cut_off:
    for df in df_elements:
        cutoff_list.append(co)
        number_list.append((df['score'] > co).sum())

# create dataframe from your lists
df = pd.DataFrame(list(zip(cutoff_list , number_list)), 
           columns =['cutoff', 'number']) 

# get your desired output
print(df)

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