R:ggplot2のPCAバイプロットにキャリブレーションされた軸を追加します

トム・ウェンセリアーズ

私はを使用して叙階パッケージに取り組んでいますggplot2現在、負荷が矢印で表されている従来の方法でバイプロットを作成しています。また、キャリブレーションされた軸を使用して、荷重軸を原点を通る線として表し、荷重ラベルをプロット領域の外側に表示することにも興味があります。ベースRでは、これは

library(OpenRepGrid)
biplot2d(boeker)

ここに画像の説明を入力してください

しかし、私はggplot2解決策を探しています。誰かがこのようなことを達成する方法について何か考えがありggplot2ますか?プロット領域の外側に変数名を追加することは、私が推測するここのように行うことができますが、プロット領域の外側の線分をどのようにプロットできますか?

現在私が持っているのは

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")
library(ggord)
data(iris)
ord <- prcomp(iris[,1:4],scale=TRUE)
ggord(ord, iris$Species)

ここに画像の説明を入力してください

ローディングは ord$rotation

                    PC1         PC2        PC3        PC4
Sepal.Length  0.5210659 -0.37741762  0.7195664  0.2612863
Sepal.Width  -0.2693474 -0.92329566 -0.2443818 -0.1235096
Petal.Length  0.5804131 -0.02449161 -0.1421264 -0.8014492
Petal.Width   0.5648565 -0.06694199 -0.6342727  0.5235971

原点、外側の目盛り、および軸領域の外側のラベルを通る線を追加するにはどうすればよいですか(重複するラベルに対して上記で適用されるクールなジッターを含む可能性があります)。

注意:プロット要素の一部が境界ボックスの外に出ることがあるため、クリッピングをオフにしたくありません

編集:他の誰かが以前同様の質問をしたようですが、質問にはまだ答えがありません。ベースRでこのようなことをするために(醜い方法ではありますが)、例えば

plot(-1:1, -1:1, asp = 1, type = "n", xaxt = "n", yaxt = "n", xlab = "", ylab = "")
abline(a = 0, b = -0.75)
abline(a = 0, b = 0.25)
abline(a = 0, b = 2)
mtext("V1", side = 4, at = -0.75*par("usr")[2])
mtext("V2", side = 2, at = 0.25*par("usr")[1])
mtext("V3", side = 3, at = par("usr")[4]/2)

ここに画像の説明を入力してください

最小限の実用例では、ggplot2だろう

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = -1:1, y = -1:1)
dfLabs <- data.frame(x = c(1, -1, 1/2), y = c(-0.75, -0.25, 1), labels = paste0("V", 1:3))
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +  geom_blank() +
  geom_abline(intercept = rep(0, 3), slope = c(-0.75, 0.25, 2)) +
  theme_bw() + coord_cartesian(xlim = c(-1, 1), ylim = c(-1, 1)) +
  theme(axis.title = element_blank(), axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank(),
        panel.grid = element_blank())
p + geom_text(data = dfLabs, mapping = aes(label = labels))

ここに画像の説明を入力してください

しかし、ラベルには運がないことがわかるので、クリッピングをオフにする必要のないソリューションを探しています。

EDIT2:関連する質問のビットは、因子負荷の座標系を示すために、X軸の上部とY軸の右側にカスタムのブレーク/ティックマークとラベルを、たとえば赤で追加する方法です。(矢印を明確にするために因子スコアに対してスケーリングする場合、通常は単位円と組み合わせます)

バプティスト

別の方法として、デフォルトのパネルボックスと軸を完全に削除し、代わりにプロット領域に小さな長方形を描画することもできます。テキストラベルと衝突しないように行をクリップするのは少し注意が必要ですが、これでうまくいく可能性があります。

ここに画像の説明を入力してください

df <- data.frame(x = -1:1, y = -1:1)
dfLabs <- data.frame(x = c(1, -1, 1/2), y = c(-0.75, -0.25, 1), 
                     labels = paste0("V", 1:3))
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +  
  geom_blank() +
  geom_blank(data=dfLabs, aes(x = x, y = y)) +
  geom_text(data = dfLabs, mapping = aes(label = labels)) +
  geom_abline(intercept = rep(0, 3), slope = c(-0.75, 0.25, 2)) +
  theme_grey() +
  theme(axis.title = element_blank(), 
        axis.text = element_blank(), 
        axis.ticks = element_blank(),
        panel.grid = element_blank()) + 
  theme()

library(grid)
element_grob.element_custom <- function(element, ...)  {
  rectGrob(0.5,0.5, 0.8, 0.8, gp=gpar(fill="grey95"))
}

panel_custom <- function(...){ # dummy wrapper
  structure(
    list(...), 
    class = c("element_custom","element_blank", "element") 
  ) 

}

p <- p + theme(panel.background=panel_custom())


clip_layer <- function(g, layer="segment", width=1, height=1){
  id <- grep(layer, names(g$grobs[[4]][["children"]]))
  newvp <- viewport(width=unit(width, "npc"), 
                    height=unit(height, "npc"), clip=TRUE)
  g$grobs[[4]][["children"]][[id]][["vp"]] <- newvp

  g
}

g <- ggplotGrob(p)
g <- clip_layer(g, "segment", 0.85, 0.85)
grid.newpage()
grid.draw(g)

この記事はインターネットから収集されたものであり、転載の際にはソースを示してください。

侵害の場合は、連絡してください[email protected]

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