ggplot2でバイオリンプロットを分割する

debugcn 投稿 Dev

user102162：

seabornドキュメンテーションのこのページの 4番目の例のように、ggplotを使用して分割バイオリン密度プロットを作成したいと思います。

ここにいくつかのデータがあります：

set.seed(20160229)

my_data = data.frame(
    y=c(rnorm(1000), rnorm(1000, 0.5), rnorm(1000, 1), rnorm(1000, 1.5)),
    x=c(rep('a', 2000), rep('b', 2000)),
    m=c(rep('i', 1000), rep('j', 2000), rep('i', 1000))
)

私は次のように回避されたバイオリンをプロットできます：

library('ggplot2')

ggplot(my_data, aes(x, y, fill=m)) +
  geom_violin()

しかし、横並び分布のさまざまなポイントで幅を視覚的に比較することは困難です。ggplotでスプリットバイオリンの例を見つけることができませんでした-可能ですか？

基本のRグラフィックスソリューションを見つけましたが、関数が非常に長く、分布モードを強調表示したいと思います。これは、ggplotに追加のレイヤーとして簡単に追加できますが、その関数の編集方法を理解する必要がある場合は、実行が難しくなります。

jan-glx：

または、密度をいじるのを避けるために、ggplot2のGeomViolinを次のように拡張できます。

GeomSplitViolin <- ggproto("GeomSplitViolin", GeomViolin, 
                           draw_group = function(self, data, ..., draw_quantiles = NULL) {
  data <- transform(data, xminv = x - violinwidth * (x - xmin), xmaxv = x + violinwidth * (xmax - x))
  grp <- data[1, "group"]
  newdata <- plyr::arrange(transform(data, x = if (grp %% 2 == 1) xminv else xmaxv), if (grp %% 2 == 1) y else -y)
  newdata <- rbind(newdata[1, ], newdata, newdata[nrow(newdata), ], newdata[1, ])
  newdata[c(1, nrow(newdata) - 1, nrow(newdata)), "x"] <- round(newdata[1, "x"])

  if (length(draw_quantiles) > 0 & !scales::zero_range(range(data$y))) {
    stopifnot(all(draw_quantiles >= 0), all(draw_quantiles <=
      1))
    quantiles <- ggplot2:::create_quantile_segment_frame(data, draw_quantiles)
    aesthetics <- data[rep(1, nrow(quantiles)), setdiff(names(data), c("x", "y")), drop = FALSE]
    aesthetics$alpha <- rep(1, nrow(quantiles))
    both <- cbind(quantiles, aesthetics)
    quantile_grob <- GeomPath$draw_panel(both, ...)
    ggplot2:::ggname("geom_split_violin", grid::grobTree(GeomPolygon$draw_panel(newdata, ...), quantile_grob))
  }
  else {
    ggplot2:::ggname("geom_split_violin", GeomPolygon$draw_panel(newdata, ...))
  }
})

geom_split_violin <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "ydensity", position = "identity", ..., 
                              draw_quantiles = NULL, trim = TRUE, scale = "area", na.rm = FALSE, 
                              show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) {
  layer(data = data, mapping = mapping, stat = stat, geom = GeomSplitViolin, 
        position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes, 
        params = list(trim = trim, scale = scale, draw_quantiles = draw_quantiles, na.rm = na.rm, ...))
}

そして、geom_split_violinこのように新しいものを使用してください：

ggplot(my_data, aes(x, y, fill = m)) + geom_split_violin()

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編集2021-04-7

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