我使用igraph包在Protein-Protein相互作用网络中获取图案,它具有矢量输出,但是我需要绘制或绘制图案,图案图形。
R中的代码:
motifs(graph_object, size = 3)
输出:
1不适用5 3
如何获得R和igraph中的图案图?这里有四个图案吗?
注意:此问题与如何使用iGraph挖掘R中的图案不同
将您要搜索的主题构建为“模板图”(例如,创建三角图),然后用于subgraph_isomorphisms
从蛋白-蛋白质相互作用网络的顶点中查找模板图的顶点中的所有映射,并与induced_subgraph
组合lapply
以将映射列表转换为实际的图案。例子:
> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2) # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph) # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })
motifs
然后将是一个图形列表,您可以使用逐个绘制它们plot()
。
本文收集自互联网,转载请注明来源。
如有侵权,请联系[email protected] 删除。
我来说两句