使用R计算大型数据集中每行的斜率

安妮塔

我有很多data set以下内容format:第一列是type发生的subsequent columns时间不同'type'我想每个计算的斜率row (~7000 rows)subset T0-T2,然后t0-t2输出信息,然后获得平均的斜坡每一行。例如,获取类型1的子集T0-T2和t0-t2的斜率,然后获取行type1的两个值的平均值。有些行完全丢失了数据,而有些行则丢失了一个或两个值。

Type    T0   T1   T2   t0   t1   t2  
type1  0.2  0.3  0.4  0.3  0.2  0.1 
type2  1.4  2.5  3.4  1.5  0.5  3.4
type3  0.4  8.1  8.1       2.2
type4        
...

我是的初学者R,因此尝试这样做一直很困难,就我看来,这似乎很简单。我在缺失值(NA)中遇到错误,对于本网站上类似问题的任何想法或指导,我将不胜感激。谢谢

乔索普

首先,您可能想编写一个可以计算三个连续值的斜率的函数,如下所示:

slope  <-  function(x){
    if(all(is.na(x)))
        # if x is all missing, then lm will throw an error that we want to avoid
        return(NA)
    else
        return(coef(lm(I(1:3)~x))[2])
}

然后可以使用该apply()函数计算每一行的斜率(MARGIN = 1),如下所示:

df <- read.csv(text = 
"Type,T0,T1,T2,t0,t1,t2
type1,0.2,0.3,0.4,0.3,0.2,0.1 
type2,1.4,2.5,3.4,1.5,0.5,3.4
type3,0.4,8.1,8.1,,2.2,")


df$slope1  <-  
    apply(df[,c('T0','T1','T2')],
          1,
          slope)

df$slope2  <-  
    apply(df[,c('t0','t1','t2')],
          1,
          slope)

然后计算平均斜率:

df$average.slope  <-  (df$slope1 + df$slope2)/2

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