我想使用python（或可能是R）将ARACNE的邻接矩阵输出转换为csv文件。
设置了adj文件，以向右显示一个基因，以及每个基因与其他基因的相互作用。例如：
A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3
因此，在上面，A和B相互交互，并且该交互的值为0.4。A和C相互影响，值为0.3，依此类推。
我想更改布局，以便得到...
A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3
基本上，我想要一个所有交互节点和相应值的列表，以便可以将文件上传到Cytoscape并绘制网络。
使用csv模块执行此操作的一种简单方法-
import csv
with open('<inputfile>','r') as f , open('<outputfile>','w') as of:
reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
for lines in reader:
key = lines.pop(0)
for i in range(0,len(lines),2):
writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])
示例/演示-
我的a.csv-
A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3
代码 -
>>> import csv
>>> with open('a.csv','r') as f , open('b.csv','w') as of:
... reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
... writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
... for lines in reader:
... key = lines.pop(0)
... for i in range(0,len(lines),2):
... writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])
输出b.csv-
A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3
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