查找两个文件之间的模式

Saisha

File1包含基因列表(以字母表示)。每个基因都用它所表达的蛋白质来描述(用字母表示):

a-1
b-2
c-3

File2还包含一个基因列表,但每个基因都重复多次。其中一些基因类似于File1

a
a
a
b
b
c
c
c

我将需要找到File1常见的所有基因File2普通的需要打印到第三个文件中(也需要多个副本)。除此之外,基因表达的蛋白质类型也需要与其一起书写(就像中的File1)。

如何获得以下内容File3

a-1
a-1
a-1
b-2
b-2
c-3
c-3
c-3
2号环

这是使用gawk做到这一点的简单方法,它具有一个内置变量ARGIND,即ARGV正在处理的当前文件的索引

我们在上分割第一个文件的每个输入行,-并使用第一个字段索引到table存储整个行的数组中。对于第二个文件(以及随后的任何文件),我们使用整行作为索引table以检索所需的行。

BEGIN{FS = "-"}
ARGIND==1{table[$1] = $0}
ARGIND>1{print table[$0]}

还是单线:

awk 'BEGIN{FS = "-"}; ARGIND==1{table[$1] = $0}; ARGIND>1{print table[$0]}' file_1 file_2

这是适用于传统awk的另一个版本。通过将FNR当前输入文件中的输入记录号与NR,到目前为止看到的输入记录总数进行比较来确定当前文件是否是第一个文件

awk -F'-' 'NR==FNR{table[$1] = $0}; NR>FNR{print table[$0]}' file_1 file_2

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