R中具有分类变量和系统发生树的热图

debugcn 发表于 Dev

特罗林

我有一个问题，个人搜索找不到任何答案。我想制作一个带有分类变量的热图（有点像这样：类似于热图的图，但要分类的变量），我想在左侧添加一个系统进化树（像这样的树：如何创建一个树）。具有固定外部层次结构集群的热图）。理想的是改编第二个，因为它看起来更漂亮！;）

这是我的数据：

一个新的格式化的系统发育树，有3种，可以这样说：
```
((1,2),3);
```

数据框：

x<-c("species 1","species 2","species 3")
y<-c("A","A","C")
z<-c("A","B","A")
df<- data.frame(x,y,z)

（以A，B和C为分类变量，例如，在我的情况下，存在/不存在/重复的基因）。

你知道怎么做吗？

提前谢谢了！

编辑：我希望能够选择热图中每个类别的颜色，而不是经典的渐变。假设A =绿色，B =黄色，C =红色

特罗林

我实际上是自己弄清楚的。对于那些感兴趣的人，这是我的脚本：

#load packages
library("ape")
library(gplots)

#retrieve tree in newick format with three species
mytree <- read.tree("sometreewith3species.tre")
mytree_brlen <- compute.brlen(mytree, method="Grafen") #so that branches have all same length


#turn the phylo tree to a dendrogram object
hc <- as.hclust(mytree_brlen) #Compulsory step as as.dendrogram doesn't have a     method for phylo objects.
dend <- as.dendrogram(hc)
plot(dend, horiz=TRUE) #check dendrogram face

#create a matrix with values of each category for each species
a<-mytree_brlen$tip
b<-c("gene1","gene2")
list<-list(a,b)
values<-c(1,2,1,1,3,2)  #some values for the categories (1=A, 2=B, 3=C)
mat <- matrix(values,nrow=3, dimnames=list) #Some random data to plot

#plot the hetmap
heatmap.2(mat, Rowv=dend, Colv=NA, dendrogram='row',col =
        colorRampPalette(c("red","green","yellow"))(3), 
          sepwidth=c(0.01,0.02),sepcolor="black",colsep=1:ncol(mat),rowsep=1:nrow(mat),
      key=FALSE,trace="none",
      cexRow=2,cexCol=2,srtCol=45,
      margins=c(10,10),
      main="Gene presence, absence and duplication in three species")


#legend of heatmap
par(lend=2)           # square line ends for the color legend
legend("topright",      # location of the legend on the heatmap plot
   legend = c("gene absence", "1 copy of the gene", "2 copies"), # category  labels
   col = c("red", "green", "yellow"),  # color key
   lty= 1,             # line style
   lwd = 15            # line width
)