R：具有基于组的颜色的热图，包括灰色的NA值和包括的字符

debugcn 发表于 Dev

抓住他们

我正在尝试使用ggplot和geom_tile创建一个热图。填充颜色基于我的x值，而alpha基于值。基于一个小示例（左），我希望我的绘图看起来类似于此示例（右）。两个问题：

我在我的alpha比例尺上遇到字符元素错误-是否可以将它们像NA一样对待/忽略它们？
实际NA值使用与其所属组相同的颜色上色，而不是全部用灰色填充。

实际的数据要大得多，并且包含多个方面。.希望这不会弄乱任何可能的解决方案。这是我的示例数据集和我的（半工作）代码：


X <- rep(st, each=3)
Y <- rep(st, times=3)

Values<- c('Apple', 2,3,NA, "Banana", 3,1,2,"Pear")

Data <- data.frame(X,Y,Values)

ggplot(Data, mapping = aes(x=X, y=Y, fill=X, 
                           alpha=Values # excluding this part I get a result, just not as I want it
       )) + 
  geom_tile(colour="white") +
  ylab("Y") + 
  xlab("X")+
  scale_fill_manual("Assay", 
                    values = c( 'red', 'yellow', 'green'),
                    na.value = 'grey')+
  scale_alpha("Value", na.value = 0.02)+
  ggtitle("Results Summary")+       
  theme( strip.text.y.left = element_text(angle = 0))+
  geom_text(label=Data$Values)

在此先感谢您的帮助：）

斯蒂芬

您的第一个问题可以通过转换Values为数字来解决，即映射as.numeric(Values)到alpha。

关于第二个问题。当您X在填充上绘制地图时，瓷砖会根据进行着色X。如果要以不同的方式填充NA和瓷砖，X==Y则必须相应地定义填充颜色。为此，我的方法fill在df中添加了一个列，并使用scale_fill_identity。

请注意，我将alpha和fill移至，geom_tile这样它们就不会传递给geom_text...

...并按照@AllanCameron的建议，我颠倒了“ Y”的顺序，以使绘图与您所需的输出一致。

library(ggplot2)
library(dplyr)

X <- rep(c('Apple', "Banana", "Pear"), each=3)
Y <- rep(c('Apple', "Banana", "Pear"), times=3)
Y <- factor(Y, levels = c("Pear", "Banana", "Apple"))

Values<- c('Apple', 2,3,NA, "Banana", 3,1,2,"Pear")

Data <- data.frame(X,Y,Values)
Data <- Data %>% 
  mutate(fill = case_when(
    is.na(Values) ~ "grey",
    X == Y ~ "white",
    X == "Apple" ~ "red",
    X == "Banana" ~ "yellow",
    X == "Pear" ~ "green"
  ))

ggplot(Data, mapping = aes(x=X, y=Y)) + 
  geom_tile(aes(fill=fill, alpha=as.numeric(Values)), colour="white") +
  ylab("Y") + 
  xlab("X")+
  scale_fill_identity("Assay") +
  scale_alpha("Value")+
  ggtitle("Results Summary")+       
  theme(strip.text.y.left = element_text(angle = 0))+
  geom_text(aes(label=if_else(!is.na(Values), Values, "NA")))
#> Warning in FUN(X[[i]], ...): NAs introduced by coercion