import gzip
input_file = open("example.bed","rb")#compress existing file
data = input_file.read()
with gzip.open("example.bed.gz", "wb") as filez:
filez.write(data)
filez.close()
fileopen= gzip.open("example.bed.gz", "r+")
output=fileopen.read()
decode=output.decode("utf-8")
import pandas as pd
df=pd.read_csv(decode, delimiter='\t',header=1 )#Works partially, missing '\t' at start of file throws error
df.to_csv('exampleziptotxt.bed', index=False)
使用熊猫将压缩.bed文件转换为.txt文件。文件的开头是chr8\t..。因为没有引导\tFileNotFoundError：[Errno 2]返回文件chr8。任何建议如何纠正输入文件，使其包含前导\t？
read_csv() 接受文件名或类似文件的对象。
您正在将文件的内容作为字符串传递给它，它试图将其解释为文件名，并尝试打开名为的内容chr8，但失败。
相反，只需将gzip文件句柄传递给函数（因为它是一个类似文件的对象）：
import pandas as pd
with gzip.open("example.bed.gz", "r+") as fileopen:
df = pd.read_csv(fileopen, delimiter="\t", header=1)
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