여기에 또 다른 '그래픽'문제가 있습니다.
MOTHUR에서 다음과 같은 거리 매트릭스를 얻었습니다 (가중 단일 분석에서 제공됨).
20
F3D0
F3D1 0.222664
F3D141 0.157368 0.293308
F3D142 0.180278 0.319198 0.0944511
F3D143 0.157659 0.290975 0.0545202 0.0761392
F3D144 0.199909 0.34045 0.104358 0.086418 0.089473
F3D145 0.207946 0.348532 0.107841 0.076302 0.0940067 0.051632
F3D146 0.117877 0.253996 0.0891617 0.130867 0.0882064 0.134407 0.138415
F3D147 0.197256 0.336583 0.102114 0.0764106 0.0890669 0.0514887 0.0479297 0.135324
F3D148 0.173824 0.311951 0.0606815 0.0648557 0.056463 0.074914 0.0811015 0.111996 0.0709027
F3D149 0.145614 0.276632 0.0462779 0.105512 0.0628737 0.10902 0.114584 0.0739466 0.107123 0.0690412
F3D150 0.129557 0.277624 0.0840909 0.128305 0.0863231 0.140256 0.145381 0.0744572 0.13672 0.113564 0.0659831
F3D2 0.133531 0.216587 0.160832 0.186833 0.176061 0.214934 0.215261 0.152591 0.205629 0.188325 0.156313 0.153841
F3D3 0.213102 0.305651 0.123818 0.113021 0.139376 0.148558 0.13853 0.174377 0.139851 0.126329 0.131294 0.166738 0.137784
F3D5 0.128668 0.185235 0.167733 0.205183 0.176585 0.224806 0.230984 0.14497 0.223492 0.18933 0.153624 0.148617 0.127574 0.192433
F3D6 0.139411 0.236633 0.135418 0.124848 0.134198 0.175098 0.166205 0.118905 0.166144 0.151842 0.120964 0.12724 0.0950943 0.119852 0.129523
F3D7 0.198884 0.315888 0.130385 0.0989168 0.131945 0.14625 0.126203 0.173689 0.128993 0.121373 0.140199 0.152123 0.152893 0.0906675 0.186674 0.111134
F3D8 0.178656 0.18783 0.205737 0.22104 0.219858 0.268701 0.2644 0.184943 0.268051 0.229503 0.1979 0.20035 0.164427 0.203089 0.119084 0.142398 0.185551
F3D9 0.153265 0.186706 0.196143 0.21504 0.20728 0.262127 0.255558 0.174563 0.2607 0.221969 0.192437 0.185154 0.13976 0.195538 0.0973901 0.127619 0.177605 0.0558726
Mock 0.653789 0.645344 0.633297 0.623553 0.633903 0.633135 0.63394 0.635815 0.645332 0.636453 0.629143 0.646918 0.663222 0.639517 0.649722 0.64073 0.654882 0.63988 0.646155
이 거리 행렬은 PCoA에서 가져온 것이므로 R을 사용하여 이러한 거리를 서수 플롯에 표시하고 싶습니다.
이 작업을 수행하는 방법에 대한 아이디어가 있습니까?
고마워
이러한 거리 행렬을 입력으로 사용하여 각 샘플에 대한 좌표를 생성 vegan하는 metaMDS함수 가있는 라이브러리가 있습니다.
M매트릭스를 호출 해 보겠습니다 . 다음 코드를 실행해야합니다.
# Load the library
library(vegan)
# Use metaMDS function for 2D - plot
NMDS <- metaMDS(distance = M, k = 2)
# Plot your individuals
plot(NMDS$points[,1], NMDS$points[,2])
에서 NMDS$points당신이 각각의 샘플에 대한 좌표를 가지고있다. 예를 들어 생물 의학 분석에서 사례 및 대조군과 같은 관심 요소에 따라 개인을 색칠하는 것이 좋습니다.
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몇 마디 만하겠습니다