다음 코드는 XML 파일에서 하나의 속성 (또는 모두)을 추출합니다.
library(xml2);library(magrittr);library(readr);library(tibble);library(knitr)
fname<-'https://raw.githubusercontent.com/wardblonde/ODM-to-i2b2/master/odm/examples/CDISC_ODM_example_3.xml'
fname
x<-read_xml(fname)
xpath="//d1:ItemDef"
itemsNames <- x %>% xml_find_all(xpath, ns=xml_ns(x)) %>% xml_attr('Name')
items <- x %>% xml_find_all(xpath, ns=xml_ns(x))
항목은 다음과 같습니다.
<ItemDef OID="IT.ABNORM" Name="Normal/Abnormal/Not Done" DataType="integer" Length="1" ...
샘플 파일은 여기에서 볼 수 있습니다 : https://raw.githubusercontent.com/wardblonde/ODM-to-i2b2/master/odm/examples/CDISC_ODM_example_3.xml
파이프와 xml_attr을 사용하여 Name및 DataType속성을 모두 추출 하고이를 rbinded 하는 가장 좋은 방법은 무엇 입니까?
이상적으로는 매우 효율적인 파이프 코드 한 줄이 될 것입니다. 이름과 유형을 추출하고 'data.frame (name = names, type = types)'을 가질 수 있지만 가장 좋고 현대적인 것 같지는 않습니다.
결과는 열 이름 및 데이터 유형이 포함 된 티블이어야합니다.
library(purrr)
map(items, xml_attrs) %>%
map_df(as.list) %>%
select(Name, DataType)
## # A tibble: 94 × 2
## Name DataType
## <chr> <chr>
## 1 Normal/Abnormal/Not Done integer
## 2 Actions taken re study drug text
## 3 Actions taken, other text
## 4 Stop Day - Enter Two Digits 01-31 text
## 5 Derived Stop Date text
## 6 Stop Month - Enter Two Digits 01-12 text
## 7 Stop Year - Enter Four Digit Year text
## 8 Outcome text
## 9 Relationship to study drug text
## 10 Severity text
## # ... with 84 more rows
하나의 "기본"버전 :
lapply(items, xml_attrs) %>%
lapply(function(x) as.data.frame(as.list(x))[,c("Name", "DataType")]) %>%
do.call(rbind, .) %>%
tbl_df()
참고 : ^^의 문제는 Name또는 DataType누락 된 경우 SOL이라는 것입니다. 다음을 사용하여이를 완화 할 수 있습니다.
lapply(items, xml_attrs) %>%
lapply(function(x) as.data.frame(as.list(x))[,c("Name", "DataType")]) %>%
data.table::rbindlist(fill=TRUE) %>%
tbl_df()
또는:
lapply(items, xml_attrs) %>%
lapply(function(x) as.data.frame(as.list(x))[,c("Name", "DataType")]) %>%
bind_rows() %>%
tbl_df()
당신이 좋아하지 않는다면 purrr.
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