두 파일 간의 필드를 일치시키고 일치 조건을 사용하는 awk

Justaguy

나는 찾기 위해 노력하고 $2file1에 (헤더를 건너 뛰는) $2file2그들은 일치하는 경우의 값은 $10이다 >30 $11이다 >다음에 선 인쇄, 49 output파일을. 아래 awk에는 구문 오류가 있지만 shellcheck반환하지 않았습니다. 입력과 출력은 모두 tab-delimited. 나는 아래가 가깝다고 생각하지만 무엇이 잘못되었는지 확실하지 않습니다. 감사합니다 :).

awk

 awk -F'\t' -v OFS='\t' 'NR==FNR{A[$2];next}$2 in A
{if($10 >.5 OFS $11 > 49)
print ; next
' file1 file2
awk: cmd. line:2: {if($10 >.5 OFS $11 > 49)
awk: cmd. line:2:                   ^ syntax error
awk: cmd. line:3: print ; next
awk: cmd. line:3:             ^ unexpected newline or end of string

file1

Missing in IDP but found in Reference:
2   166848646   G   A   exonic  SCN1A   68  13  16;20   0;0 17;15   0;0 0;0 0;0     c.[5139C>T]+[=] 52.94

file2

chr2    166245425   SCN2A   AMPL5155065355  SNP Het C/T C   T   54  100   50    23  27
chr2    166848646   SCN1A   AMPL1543060606  SNP Het        G/A   G  A   52.9411764706   100 68  32  36

원하는 출력

2   166848646   G   A   exonic  SCN1A   68  13  16;20   0;0 17;15   0;0 0;0 0;0     c.[5139C>T]+[=] 52.94

새로 편집 awk

awk -F'\t' -v OFS='\t' 'NR==FNR{A[$2];next}$2 in A {
if($10 >.5 OFS $11 > 49) >>> if($10 >.5 && $11 > 49)
print }
' file1 file2 > out
awk: cmd. line:2: if($10 >.5 OFS $11 > 49) >>> if($10 >.5 && $11 > 49)
awk: cmd. line:2:                    ^ syntax error
카라 크파

여기 있습니다 ...

$ awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR==FNR{a[$2]; next} 
                          ($2 in a) && $10>30 && $11>49 ' file1 file2

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