gzip 파일의 두 열을 병합하고 병합 된 열을 다른 열로 바꿉니다.

낙서

다음과 같은 gzip 파일이 있습니다.

 1 rs571093408 rs571093408 13380 C G

첫 번째와 네 번째 열을 :inbetween과 병합하고 두 번째 열을 새 콘텐츠로 바꾸고 싶으 므로 출력은 다음과 같습니다.

 1 1:13380 rs571093408 13380 C G

입력은 gzip으로 압축 된 파일이며 출력 파일을 gzip으로 압축하고 싶습니다.

유 르코

명령을 사용하여 gzip으로 압축 된 파일의 내용을 인쇄 할 수 있습니다 zcat.

그래서 인쇄 소스 파일 file1.gz:

$ zcat file1.gz
1 rs571093408 rs571093408 13380 C G
2 rs200000002 rs222222222 12222 D E
3 rs300000003 rs333333333 13333 F K

실행할 하나의 라이너 :

$ zcat file1.gz|awk '{print $1" "$1":"$4,$3,$4,$5,$6}'|gzip > file2.gz

결과 파일 file2.gz내용 인쇄 :

$ zcat file2.gz
1 1:13380 rs571093408 13380 C G
2 2:12222 rs222222222 12222 D E
3 3:13333 rs333333333 13333 F K

업데이트되었습니다. 아래 주석을 기반으로 개선 된 버전 추가 :

$ zcat file1.gz|awk '{$2=$1":"$4}1'|gzip > file2.gz

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