R의 ggplot2에 개별 X 축 레이블을 유지하면서 boxplot 데이터 그룹화

당신은을 추가하여 x 축에 사용되지 않은 라벨을 제거 할 수 있습니다 scales = "free_x"로 facet_grid. 또한 추가 space = "free"하면 동일한 크기의 상자 그림이 표시됩니다. 와:

ggplot(test,aes(x=Type, y=Gene1, fill=Subset))+
  geom_boxplot(notch=T, notchwidth=0.5,outlier.shape=1,outlier.size=2, coef=1.5)+
  theme(axis.text=element_text(color="black"))+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.4))+
  theme(panel.grid.minor=element_blank())+
  labs(size= "Type",x = "",y = "Rank of Gene1 count", title = "1) BOXPLOT WITH FACETS")+
  scale_fill_manual(values=c("red","lawngreen"),name="Subset",
                    labels=c("Cancer (TCGA)", "Normal (GTEx)"))+
  facet_grid(~Tissue, scales = "free_x", space = "free")

다음 플롯이 표시됩니다.

패싯을 사용하지 않고 그룹화를 유지하는 경우 그룹화를 고려하는 새 변수를 만들 수 있습니다. 다음과 interaction같이 할 수 있습니다 .

# create the new variable
test$newType <- factor(interaction(test$Tissue,test$Type))
# set the correct order of the new variable
test$newType <- factor(test$newType,
                       levels=levels(test$newType)[order(levels(test$newType))],
                       labels=levels(test$Type)[order(levels(test$newType))])

그런 다음 다음을 사용하여 새 플롯을 만들 수 있습니다.

ggplot(test,aes(x=newType, y=Gene1, fill=Subset))+
  geom_boxplot(notch=T, notchwidth=0.5,outlier.shape=1,outlier.size=2, coef=1.5)+
  theme(axis.text=element_text(color="black"))+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.4))+
  theme(panel.grid.minor=element_blank())+
  labs(size= "Type",x = "",y = "Rank of Gene1 count", title = "1) BOXPLOT WITH FACETS")+
  scale_fill_manual(values=c("red","lawngreen"),name="Subset",
                    labels=c("Cancer (TCGA)", "Normal (GTEx)"))

다음 플롯을 생성합니다.

Gene1및 Gene2플롯에 둘 다 포함하려면 먼저 데이터를 긴 형식으로 재구성하는 것이 가장 좋습니다.

library(tidyr)
test2 <- test %>% gather(gene,value,5:6)

다음을 사용하여 플롯을 만들 수 있습니다.

ggplot(test2,aes(x=Type, y=value, fill=Subset))+
  geom_boxplot(notch=T, notchwidth=0.5,outlier.shape=1,outlier.size=2, coef=1.5)+
  theme(axis.text=element_text(color="black"))+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.4))+
  theme(panel.grid.minor=element_blank())+
  labs(size= "Type",x = "",y = "Rank of Gene1 count", title = "1) BOXPLOT WITH FACETS")+
  scale_fill_manual(values=c("red","lawngreen"),name="Subset",
                    labels=c("Cancer (TCGA)", "Normal (GTEx)"))+
  facet_grid(gene~Tissue, scales = "free_x", space = "free")

위의 코드는 다음 플롯을 제공합니다.

추가 패싯 레이어를 사용하지 않고 다른 유전자를 포함하는 옵션으로 다음을 사용할 수 있습니다.

ggplot(test2,aes(x=Type, y=value, fill=Subset, alpha=gene))+
  geom_boxplot(notch=T, notchwidth=0.5,outlier.shape=1,outlier.size=2, coef=1.5)+
  theme(axis.text=element_text(color="black"))+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.4))+
  theme(panel.grid.minor=element_blank())+
  labs(size= "Type",x = "",y = "Rank of Gene count", title = "BOXPLOT WITH FACETS")+
  scale_fill_manual(values=c("red","lawngreen"),name="Subset",
                    labels=c("Cancer (TCGA)", "Normal (GTEx)"))+
  facet_grid(.~Tissue, scales = "free_x", space = "free") +
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x=element_text(angle=90, vjust=0.5, hjust=1))

결과: