여기 에서 Docker 용 PredictProtein을 설치하려고합니다 . PredictProtein에서 사용하는 데이터베이스 설치 스크립트는 데이터를 .txz파일 로 다운로드 합니다.
다운로드 후 스크립트는 파일 압축 해제를 시도합니다. 실패하고 오류 메시지가 표시됩니다.
/usr/local/bin/setupdb: line 15: xz: command not found
왜 실패합니까? 그리고 이것을 어떻게 해결할 수 있습니까?
Docker 버전 17.12.1-ce를 사용합니다. VirtualBox를 사용하여 Ubuntu 16.04.3 VM 내에서 실행합니다.
컨테이너 내에서 복사 된 스크립트는 다음과 같습니다.
#!/bin/bash
if [ -d /usr/share/rostlab-data/ ]; then
echo "Removing current database..."
rm -rf /usr/share/rostlab-data/
fi
mkdir /usr/share/rostlab-data/
cd /usr/share/rostlab-data/
echo "Downloading database release..."
wget -O rostlab-data.txz "http://www.rostlab.org/services/ppmi/download_file?format=gzip&file_to_download=db"
echo "Extracting..."
xz -d rostlab-data.txz
tar xvf rostlab-data.tar
rm -f rostlab-data.tar
echo "Done."
xz 명령을 찾을 수 없기 때문에 도구가 설치되지 않았을 수 있습니다. 컨테이너가 우분투를 기반으로하는 경우 (아마도 그렇지 않은 경우) 설치되어 알파인 기반이라고 생각합니다.
xz를 설치하십시오!
apk add xz
또는 Dockerfile을 편집하는 경우 파일 초기에 RUN 문을 추가하기 만하면됩니다.
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