디렉토리의 모든 입력을 반복하고 입력 이름으로 출력 디렉토리 생성

bioinfo_123

10 개의 서로 다른 파일이있는 디렉터리가 있고 모든 파일에 대해 동일한 명령을 실행해야하지만 결과 디렉터리 이름으로 내 입력 파일 이름과 고유 한 별도의 디렉터리에 결과를 저장합니다. 내 질문이 모든 입력을 통해 반복하고 별개의 출력 파일을 만드는 것과 유사하다는 것을 이해 하므로 다음 코드를 시도했습니다.

cd /user/test

for i in *.txt
do 
   fastqc $i -o {$i}.out
done

오류가 발생합니다.

Specified output directory '{1.txt}.out' does not exist
Specified output directory '{2.txt}.out' does not exist

파이프 라인과 워크 플로를 만드는 데 도움이 될 수있는 문제가 무엇인지 궁금했습니다. 감사!

앤서니 루이즈

find파일이 중첩 된 디렉토리에있는 경우 유용하게 사용 하고 싶습니다 .

find /user/test -name '*.txt' -exec fastqc "{}" -o "{}.out" \;

find-exec/ user / test에서 찾은 모든 .txt 파일에 대해 지정된 명령을 실행합니다 (검색은 재귀적임).

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