Rcpp :: List 입력이있는 내 C ++ 함수가 매우 느립니다.

첫째, 목록에 대한 복사 의미는 R의 최신 버전에서 변경되었습니다 (확실히 최신 R-devel에서는 R 3.1.0으로 만들 었는지 확실하지 않음). 이로 인해 목록의 얕은 복사본 이 만들어지고 내부 요소가 나중에 복사됩니다. 수정 된 경우. 이전 버전의 R을 실행하는 경우 더 비싼 목록 복사 의미 체계가 방해받을 가능성이 큽니다.

즉, 벤치 마크를 사용하여 추가 속도를 위해 함수를 다시 작성하는 방법은 다음과 같습니다. sourceCpp자신의 컴퓨터에서 비교할 수 있습니다.

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadillo.h>
#include <Rcpp.h>

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List mySlowListFn(Rcpp::List myList, int nSub){
   arma::vec myMult(nSub);
   arma::vec myDiv(nSub);
   for (int i = 0; i < nSub; i++){
     arma::vec meas1_i = Rcpp::as<arma::vec>(Rcpp::as<Rcpp::List>(myList["meas1"])[i]);
     arma::vec meas2_i = Rcpp::as<arma::vec>(Rcpp::as<Rcpp::List>(myList["meas2"])[i]);
     myMult[i] = arma::sum(meas1_i)*arma::sum(meas2_i);
     myDiv[i] = arma::sum(meas1_i)/arma::sum(meas2_i);
   }
   return Rcpp::List::create(Rcpp::Named("myMult") = myMult, 
                             Rcpp::Named("myDiv") = myDiv);
}

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List myFasterListFn(Rcpp::List myList, int nSub) {

  Rcpp::NumericVector myMult = Rcpp::no_init(nSub);
  Rcpp::NumericVector myDiv = Rcpp::no_init(nSub);

  Rcpp::List meas1 = myList["meas1"];
  Rcpp::List meas2 = myList["meas2"];

  for (int i = 0; i < nSub; i++) {

    arma::vec meas1_i( 
      REAL(VECTOR_ELT(meas1, i)), Rf_length(VECTOR_ELT(meas1, i)), false, true
    );

    arma::vec meas2_i(
      REAL(VECTOR_ELT(meas2, i)), Rf_length(VECTOR_ELT(meas2, i)), false, true
    );

    myMult[i] = arma::sum(meas1_i) * arma::sum(meas2_i);
    myDiv[i] = arma::sum(meas1_i) / arma::sum(meas2_i);
  }

  return Rcpp::List::create(
    Rcpp::Named("myMult") = myMult, 
    Rcpp::Named("myDiv") = myDiv
  );
}

/*** R
library(microbenchmark)
lappend <- function(lst, ...){
  lst <- c(lst, list(...))
  return(lst)
}

nSub <- 30
n <- 10
meas1 <- list()
meas2 <- list()
for (i in 1:nSub){
  meas1 <- lappend(meas1, rnorm(n))
  meas2 <- lappend(meas2, rnorm(n))
}
myList <- list(meas1 = meas1, meas2 = meas2)
x1 <- mySlowListFn(myList, nSub)
x2 <- myFasterListFn(myList, nSub)
microbenchmark(
  mySlowListFn(myList, nSub),
  myFasterListFn(myList, nSub)
)
*/

나에게 준다

> library(microbenchmark)

> lappend <- function(lst, ...){
+   lst <- c(lst, list(...))
+   return(lst)
+ }

> nSub <- 30

> n <- 10

> meas1 <- list()

> meas2 <- list()

> for (i in 1:nSub){
+   meas1 <- lappend(meas1, rnorm(n))
+   meas2 <- lappend(meas2, rnorm(n))
+ }

> myList <- list(meas1 = meas1, meas2 = meas2)

> x1 <- mySlowListFn(myList, nSub)

> x2 <- myFasterListFn(myList, nSub)

> microbenchmark(
+   mySlowListFn(myList, nSub),
+   myFasterListFn(myList, nSub)
+ )
Unit: microseconds
                         expr    min      lq  median      uq    max neval
   mySlowListFn(myList, nSub) 14.772 15.4570 16.0715 16.7520 42.628   100
 myFasterListFn(myList, nSub)  4.502  5.0675  5.2470  5.8515 18.561   100

미래 버전 Rcpp과 Rcpp11것이다 ListOf<T>적절한 의미가 밖으로 다림질 한 후 훨씬 쉽게, 우리가 사전에 내부 유형을 알고 목록과 상호 작용을 할 것이다 클래스를.