나는 단지 단순한 실수를하고 있다고 확신합니다.
반복해야하는 큰 행렬 3307592x9가 있고 열 8 (문자 / 문자열) == 9 (문자 / 문자열) (대소 문자 구분 안 함)이면 열 3-7 (숫자 0-1)이 1- 자기 여야합니다. . 내가 작성한 코드는 다음과 같습니다.
for (i in 1:3307592){
if(grepl(chr2SnpFreqNorm[i,8], chr2SnpFreqNorm[i,9], ignore.case=TRUE)){
chr2SnpFreqNorm[i,3] <- 1 - chr2SnpFreqNorm[i,3]
chr2SnpFreqNorm[i,4] <- 1 - chr2SnpFreqNorm[i,4]
chr2SnpFreqNorm[i,5] <- 1 - chr2SnpFreqNorm[i,5]
chr2SnpFreqNorm[i,6] <- 1 - chr2SnpFreqNorm[i,6]
chr2SnpFreqNorm[i,7] <- 1 - chr2SnpFreqNorm[i,7]
}
}
R 클라이언트를 실행하려고하면 명령을 취소하기 전에 30 분 넘게 중단됩니다. 코드가 나에게 맞는 것처럼 보이기 때문에 내가 뭘 잘못했는지 잘 모르겠습니다.
/ edit 예제 데이터
> chr2SnpFreqNorm[1:10,]
ID pos ceuChr2SnpFreq chsChr2SnpFreq lwkChr2SnpFreq
1 rs187078949 10133 0.070588235 0.000 0.030927835
2 rs191522553 10140 0.005882353 0.000 0.005154639
3 rs149483862 10286 0.100000000 0.135 0.226804124
4 rs150919307 10297 0.147058824 0.070 0.113402062
5 rs186644623 10315 0.000000000 0.000 0.000000000
6 rs193294418 10345 0.017647059 0.000 0.036082474
7 rs185496709 10386 0.082352941 0.020 0.087628866
8 rs188771313 10419 0.229411765 0.085 0.056701031
9 rs192945962 10425 0.100000000 0.020 0.015463918
10 rs184397180 10431 0.064705882 0.005 0.036082474
tsiChr2SnpFreq yriChr2SnpFreq ALT AA
1 0.035714286 0.045454545 A a
2 0.005102041 0.005681818 A C
3 0.239795918 0.170454545 A t
4 0.168367347 0.130681818 T t
5 0.000000000 0.005681818 G C
6 0.030612245 0.028409091 A G
7 0.035714286 0.113636364 T t
8 0.147959184 0.090909091 G G
9 0.091836735 0.034090909 G c
10 0.015306122 0.045454545 T a
>
Base R에서는 간단하게 할 수 있습니다.
flip <- Vectorize(grepl)(chr2SnpFreqNorm[,8], chr2SnpFreqNorm[,9], ignore.case=TRUE)
chr2SnpFreqNorm[flip,3:7] <- 1 - chr2SnpFreqNorm[filp,3:7]
Vectorize루프를 숨기기 때문에 약간 느릴 수 있습니다 . 그러나 8 열과 9 열이 정확히 일치하는 행을 뒤집는 것이 필요한 경우 (대소 문자 제외) 대신이 필터를 사용합니다.
flip <- tolower(chr2SnpFreqNorm[,8])==tolower(chr2SnpFreqNorm[,9])
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