조건을 사용하여 한 줄 내에서 여러 패턴 일치

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MAPK

다음과 같은 fasta 파일이 있습니다. myfasta.fasta

>1_CDS
AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG
AAATTATTA
>2_CDS
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>3_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>4_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>5_rRNA
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>6_tRNA
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA

'CDS', 'tRNA'등과 같은 패턴이 일치하는 ID를 기준으로 시퀀스를 구분하는 데 사용하고 싶은 코드가 있습니다. 아래 코드에서는 startswith를 사용하고 일치하지 않는 패턴도 사용하려고합니다. ' 작동하지 않는 것 같습니다. 누군가 파이썬에서 두 가지 조건을 찾는 방법을 도와주세요.

암호: python mycode.py myfasta.fasta

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]
fasta = open(myfasta)

for line in fasta:
    if line.startswith('>') and 'CDS' in line:
        print(line)
    else:
        print(line)

예상 출력 (을 사용하는 경우 CDS) :

>1_CDS
AAAAATTTCTGGGCCCCGGGGG
AAATTATTA
>2_CDS
TTAAAAATTTCTGGGCCCCGGGAAAAAA
>3_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT
>4_CDS
TTTGGGAATTAAACCCT

Maanijou

다음은 귀하에게 적합한 코드입니다. 행에 CDS가 있으면 행과 다음 행을 인쇄합니다. strip()줄을 인쇄하는 동안 끝줄 문자를 제거합니다.

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]

flag = False
with open(myfasta) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>') and 'CDS' in line:
            flag = True
        elif line.startswith('>'):
            flag = False
        if flag:
            print(line.strip())

편집 : 다음 코드로 elif 부분을 제거 할 수 있습니다.

#!/usr/bin/env python
import sys
import os
myfasta = sys.argv[1]

flag = False
with open(myfasta) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>'):
            flag = 'CDS' in line
        if flag:
            print(line.strip())

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침해가 발생한 경우 연락 주시기 바랍니다[email protected] 삭제

에서 수정2021-04-5

몇 마디 만하겠습니다

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