Brainrender에는 레이블을 지정하고 두뇌가 거꾸로로드되는 것을 막을 수있는 방법이 있습니까?

재키

브레인 렌더사용하여 전극 을 어디에 두 었는지 보여줍니다. 그러나 brainrender를로드 할 때마다 내 두뇌는 항상 거꾸로로드됩니다.

브레인 렌더2

삼

4

이 문제를 해결할 방법이 있습니까? 아니면 매번 수동으로 뒤집어 야합니까?

브레인 렌더가 만드는 3D 이미지에 텍스트 레이블을 표시 / 추가하는 방법을 아는 사람이 있는지 궁금합니다. 나는 이러한 기능을 살펴 봤지만, 어느 누구도 실제로 뇌 영역에 라벨을 붙이지 않는다는 것을 알 수 있습니다.

라벨 : 5

재키

Below I've copied the important parts of how to resolve the issues/questions posted here. All credit for an answer to this question goes to the developer of BrainRender(FedeClaudi on GitHub). I am copying the key information he provide my team in case the following link to the developers answer stops working: https://github.com/BrancoLab/BrainRender/issues/70

The developer of the BrainRender tool updated this tool to version 0.4.0.0 which allows users to permanently add labels to brain areas:

pip install -U brainrender

You should also update using:

https://github.com/BrancoLab/BrainRender.git

Some key things to know about how the labels work:

  • Labels appear on the right hemisphere by default

  • added xoffset, yoffset and zoffset to manually alter the location of the label

  • added a colored sphere to the point on the mesh that corresponds to the label location [optional]

이것이 우리의 두뇌 로딩을 거꾸로 해결 한 방법입니다. 이것은 Jupyter 노트북에서 발생하는 문제 일뿐입니다.

from vtkplotter import embedWindow

from brainrender.scene import Scene



# Change 1 Disable scene embedding with k3d in vtkplotter

embedWindow(False) 



# Change 2 set jupyter to False when creating the scene

scene = Scene(jupyter=False)



# Populate and render 

scene.add_brain_regions(['MOp', 'MOs', 'VISl', 'VISp', 'RSPagl'], add_labels=True)

scene.add_text('title')

scene.render(camera='top')

개발자는 또한 "" import vtkplotter as vtk라는 다른 패키지가 있기 때문에 피하기 위해 경고했습니다 vtk.

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