목표 : 목록에서 각 요소 (각각 10 자 포함)의 뉴클레오티드 빈도를 계산합니다.
나는 시도했다 :
for (i in 1:1074){d10<-count(d10[["i"]],1)}
계속 "Error in seq.default (from = 1 + start, to = length (seq), by = by) : wrong sign in 'by'argument
내가 원하는 것 :
A G C T
3 4 2 1
A G C T
2 0 5 3
첫 번째 요소에서 마지막 요소까지 (1 : 1074).
실제로 뉴클레오타이드라면 다음을 수행 할 수 있습니다.
library(Biostrings)
d10 = list("ATGCATGCAT","TTTAAAGGGC","CGCGCGCGCG")
alphabetFrequency(DNAStringSet(unlist(d10)))[,1:4]
A C G T
[1,] 3 2 2 3
[2,] 3 1 3 3
[3,] 0 5 5 0
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몇 마디 만하겠습니다