UbuntuでOrtep3をコンパイルするにはどうすればよいですか?

j0h

最近、を使用して古いCentOSサーバーでortep3コンパイルしましgfortran -o ortep3 ortep.f -lpgplot -lX11gfortranのバージョンは6.5かそのようなものだったと思います。私のバージョンのgfortranは次のとおりです。gcc version 9.2.1

ここで、いくつかのubuntuマシンバージョン18.04以降でORTEP3をコンパイルしたいと思います。ortepをコンパイルしようとすると、次のようなエラーと次のようなError: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘itxt’ (1/72) at (1)警告が表示されます。Warning: Fortran 2018 deleted feature: DO termination statement which is not END DO or CONTINUE with label 10 at (1)

レガシーコードフラグ-ff2cを使用してみましたが、効果はありません。libx11とpgplotの両方がインストールされ、操作可能です。

fort77どのコンパイルでコンパイルしようとしましたが、コンパイルされたコードは実行されません。gfortranでコンパイルしようとすると、ortep.fはコンパイルされません。

LD_TRACE CentOSサーバーから:

$ LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 ./Working_ortep3 
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffc82f42000)
    libX11.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libX11.so.6 (0x00007f185a9cf000)
    libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007f185a89d000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f185a74e000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f185a734000)
    libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f185a6ea000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f185a4f9000)
    libxcb.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxcb.so.1 (0x00007f185a4ce000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f185a4c8000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f185ab51000)
    libXau.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXau.so.6 (0x00007f185a4c2000)
    libXdmcp.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXdmcp.so.6 (0x00007f185a4ba000)
    libbsd.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libbsd.so.0 (0x00007f185a4a0000)

ortep3をビルドして実行できた場所に合わせるために、ORTEP3の動作バージョンに依存するライブラリに一致するパッケージを調べてインストールしました。私はインストールすることになりました:sudo apt-get install libxdmcp-dev libbsd-dev

エラーは引き続き発生します。

ortep3をコンパイルできたサーバーで作業しなくなりました。それについて質問することはできますが、そこでコンパイルできたときにジョブを終了しました(ortep3の機能バージョンをインストールします)。

エラーのみのリストは次のとおりです。

ortep.f:576:36:

  576 |       CALL SIMBOL(W(2,1),W(3,1),HGT,' ',0.,-1)
      |                                    1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘itxt’ (1/72) at (1)
ortep.f:577:36:

  577 |       CALL SIMBOL(W(2,2),W(3,2),HGT,' ',0.,-2)
      |                                    1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘itxt’ (1/72) at (1)
ortep.f:3678:27:

 3678 |       CALL SIMBOL(W,W2,HGT,ITEX,THT,NC)
      |                           1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘itxt’ (8/72) at (1)
ortep.f:3934:48:

 3934 |   185 if (nout.ge.0) WRITE (NOUT,176)I,maksym(1,fsym)
      |                                                1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘gp’ (12/2304) at (1)
ortep.f:1258:19:

 1258 |       CALL AXEQB(A,V,V,1)
      |                   1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘x’ (3/9) at (1)
ortep.f:2084:16:

 2084 |   945 CALL PROJ(D(1,65),DP(1,65),X,XO,VIEW,1,65,L)
      |                1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘d’ (198/387) at (1)
ortep.f:2117:16:

 2117 |       CALL PROJ(V1,DP,X,XO,VIEW,1,1,1)
      |                1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘d’ (4/387) at (1)
ortep.f:2123:16:

 2123 |   988 CALL PROJ(DA,DP,X,XO,VIEW,1,3,1)
      |                1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘d’ (9/387) at (1)
ortep.f:2550:32:

 2550 |       CALL SIMBOL(Y(1),Y(2),HGT,' ',TH,7-NJ3)
      |                                1
Error: Actual argument contains too few elements for dummy argument ‘itxt’ (1/72) at (1)

これが実際にCentOSマシンでどのように機能し始めたのかわかりません。私の知る限り、ortep3コードはfortran77ですが、SIMBOLという用語はタイプミスのように見え、SYMBOlかもしれないと思いましたが、以前にコンパイルするためにコードを変更する必要はありませんでした。

最終目標:svgファイル出力関数を追加し、debパッケージを作成し、それを維持します。

N0rbert

Repologyからわかること-1.0.3バージョンが最新のものです。
Gentooには、バージョン1.0.3-r1でこのアプリケーション用のebuildがあります。

Ubuntu 18.04 LTSでコンパイルするには、必要なビルドツールをインストールする必要があります。

sudo apt-get install pgplot5 libx11-dev gfortran

次にortep.f、いくつかのGentoodistfilesミラーからダウンロードします

wget http://ftp.corbina.net/pub/Linux/gentoo/distfiles/81/ortep.f

(^このバージョンはpgplot無効になっているため、通常は2000年代ortep.fから使用している場合はhttps://github.com/ornl-ndav/ortepから使用してください

そしてそれをコンパイルします

gfortran -O2 -o ortep3 ortep.f -lpgplot -lX11

それが動作します:

$ ./ortep3
ORTEP-III Version 1.0.3 Jan. 25, 2000
Enter instruction set file name or "exit" [TEP.IN]:  
...

他の可能な代替手段は、https: //ornl-ndav.github.io/ortep/compiled.htmlからコンパイル済みのバイナリを使用することです。

この記事はインターネットから収集されたものであり、転載の際にはソースを示してください。

侵害の場合は、連絡してください[email protected]

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