私はに関して非常に混乱していTBB
ます。が型であり、型がである<key, value>
、順序付けられていないバイマップにペアを挿入しようとしています。ファイルにあるを作成しようとしましたが、次のようになります。key
uint64_t
value
string
loop object
TBB.h
void ParallelIndex(uint64_t &kmer_len, std::string &split_kmer, std::string &sequence_content,
uint64_t &sequence_length, size_t &kmer_position ) {
parallel_for( blocked_range<size_t>(0, sequence_length),
[&](const blocked_range<size_t>& r) {
for(i = r.begin(); i < r.end(); ++i ){
split_kmer = sequence_content.substr(i, kmer_len);
reference_index_vector.insert(position(kmer_position, split_kmer));
i += kmer_len-1;
kmer_position += kmer_len;
}
}
);
}
にあるmain
関数で、関数TBB.cpp
を呼び出そうとしました
index.ParallelIndex(index.kmer_len, index.split_kmer, index.sequence_content,
index.sequence_length, index.kmer_position );
0から始まり、nを通過します。i
5ずつインクリメントしようとしています(最初++i
とi +=kmer_len-1
、i = 0, 5, 10, 15, ...
nまでのように)が、i
1だけインクリメントされます。
完全なコードを以下に示します。
TBB.cpp
#include <iostream>
#include <string>
#include <algorithm>
#include <boost/bimap.hpp>
#include <boost/bimap/unordered_set_of.hpp>
#include <boost/bimap/unordered_multiset_of.hpp>
#include "tbb/parallel_for.h"
#include "TBB.h"
#include "tbb/tbb.h"
#include <tbb/blocked_range.h>
using namespace tbb;
namespace bimaps = boost::bimaps;
typedef boost::bimap<bimaps::unordered_set_of<uint64_t>,
bimaps::unordered_multiset_of<std::string> > bimap_reference;
typedef bimap_reference::value_type position;
bimap_reference reference_index_vector;
uint64_t thread_test::create_index::kmer_len = 5;
std::string thread_test::create_index::split_kmer = "";
std::string thread_test::create_index::sequence_content = "ABCDDBACDDDCBBAAACBDAADCBDAAADCBDADADACBDDCBBBCDCBCDAADCBBCDAAAD";
uint64_t thread_test::create_index::sequence_length = 0;
size_t thread_test::create_index::kmer_position = 0;
size_t thread_test::create_index::i = 0;
int main(){
thread_test::create_index index;
index.sequence_length = index.sequence_content.length();
index.ParallelIndex(index.kmer_len, index.split_kmer, index.sequence_content,
index.sequence_length, index.kmer_position );
for( bimap_reference::const_iterator iter = reference_index_vector.begin(), iend = reference_index_vector.end();
iter != iend; ++iter ) {
std::cout << iter->left << " <--> "<< iter->right <<std::endl;
}
}
TBB.h
#ifndef TBB_H_
#define TBB_H_
#include<iostream>
#include <algorithm>
#include <utility>
#include <boost/bimap.hpp>
#include <boost/bimap/unordered_set_of.hpp>
#include <boost/bimap/unordered_multiset_of.hpp>
#include "tbb/tbb.h"
#include <tbb/parallel_for.h>
#include <tbb/blocked_range.h>
#include <tbb/mutex.h>
using namespace tbb;
namespace bimaps = boost::bimaps;
typedef boost::bimap<bimaps::unordered_set_of<uint64_t>,
bimaps::unordered_multiset_of<std::string > > bimap_reference;
typedef bimap_reference::value_type position;
extern bimap_reference reference_index_vector;
namespace thread_test{
class create_index{
public:
static uint64_t kmer_len;
static std::string split_kmer;
static std::string sequence_content;
static uint64_t sequence_length;
static size_t kmer_position;
static size_t i;
// using lambda function
void ParallelIndex(uint64_t &kmer_len, std::string &split_kmer, std::string &sequence_content,
uint64_t &sequence_length, size_t &kmer_position ) {
parallel_for( blocked_range<size_t>(0, sequence_length),
[&](const blocked_range<size_t>& r) {
for(i = r.begin(); i < r.end(); ++i ){
split_kmer = sequence_content.substr(i, kmer_len);
reference_index_vector.insert(position(kmer_position, split_kmer));
i += kmer_len-1;
kmer_position += kmer_len;
}
}
);
}
};
}
#endif /* TBB_H_ */
問題はi
1ずつインクリメントされますが、上記のように5ずつインクリメントしようとしています。
に変更for(i = r.begin(); i < r.end(); ++i )
しfor(; i < r.end(); ++i )
ます。最初のケースでは、を再初期化しi = r.begin()
ます。
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