2番目のファイルからのデータを考慮してファイルを読み取り、置換します

参考までに、最初のファイルにsource.txt、2番目のファイルにcontrol.txt、出力にresult.txtという名前を付けます。
これがプログラムの骨組みです。

[modify_line(line) if line[0].isdigit() else line for line in source]

このコードは、各行をそのまままたは変更して渡します。行が渡された数字で始まる場合、modify_line変更された行、または渡された行とcontrol.txtから取得した入力に基づいて元の行が返されます。
modify_line渡された各行をチェックして変更するには、control.txtからデータを取得する必要があります。データは、行の開始番号と終了番号[1, (123, 567)]です。開始番号が一致し、終了番号の1つが一致した場合、行が変更されます。開始番号が一致しない場合、番号で始まる行modify_lineのみが渡されるため、次の行開始番号が制御ファイルから読み取られます。
状態を維持するために、ここではクロージャーを使用しました。

import re

def create_line_modification_function(fp, replacement_word):

    def get_line_number_and_end_numbers():
        for line in fp:
            if line.strip():
                line_number, rest = line.split(',', 1)
                line_number = line_number.strip()
                ends = [end.strip() for end in rest.split(',')]
                yield line_number, ends

    generate_line_numbers_and_ends = get_line_number_and_end_numbers()
    # modify_line needs to change this. So this is in a list
    line_number_and_ends = list(next(generate_line_numbers_and_ends, (None, None)))
    # for safety check if we run out of line numbers in the control file
    if line_number_and_ends[0] is None:
        raise ValueError('{} reached EOF'.format(fp.name))
    # for optimization compile once here
    pattern = re.compile(r'(.*)word(.*\d{3}$)')


    def modify_line(line):
        while True:
            # for convenience unpack the list 
            line_number, ends = line_number_and_ends
            if line.startswith(line_number):
                for end in ends:
                    if line.rstrip().endswith(end):
                        return pattern.sub(r'\1{}\2'.format(replacement_word), line)
                return line
            # If we are here the line numbers from control.txt and source.txt don't match.
            # So we have to read next line from control file
            line_number_and_ends[0], line_number_and_ends[1]  = next(generate_line_numbers_and_ends, (None, None))
            if line_number_and_ends[0] is None:
                raise ValueError('{} reached EOF'.format(fp.name))

    return modify_line

if __name__ == '__main__':

    with open('source.txt') as source, open('control.txt') as ctl, open('result.txt', 'w') as target:
        modify_line = create_line_modification_function(ctl, 'NEW_WORD')
        target.writelines(modify_line(line) if line[0].isdigit() else line for line in source)