Perl：2つの配列を組み合わせ、同一のヘッダーを削除し、フォーマットを維持する

debugcn 投稿 Dev

ロブ

以下に、私が生成した2つの配列の内容を示します。2つの配列を組み合わせて、繰り返される同一のヘッダーを削除し、同じ形式を維持するにはどうすればよいですか？ほとんどマトリックスを作成するのと同じです。現在、メッシュを使用して配列を1つに結合していますが、うまく機能しません。分割、プッシュなど、他に役立つ可能性のあるものは他にありません。以下にコードを示します。

入力ファイル「phred.txt」

 "#$%&'()

入力ファイル「bases.txt」

ABCDEFGH

印刷アレイ1からの出力

Sequence_1 
1     2     3     4    5

印刷アレイ2からの出力

Sequence_1 
A     B     C     D    E

両方のアレイを組み合わせて必要な出力

Sequence_1
1     2     3     4     5
A     B     C     D     E

メッシュを使用する現在の戦略の結果

Sequence_1
Sequence_1
1A     2B     3C     4D     5E

現在のコード

use warnings;
use strict;

use List::MoreUtils qw(mesh);

open( PHRED, '<', '/path/to/phred.txt' ) or die $!;
open( BASES, '<', '/path/to/bases.txt' ) or die $!;
open( OUT,   '>', '/path/to/out.txt' )   or die $!;

my @symbols;
my @bases;
my $count = 0;
my @finalphred;
my @finalbases;

my %hash = (
    '"'  => "1",
    '#'  => "2",
    '$'  => "3",
    '%'  => "4",
    '&'  => "5",
    q(') => "6",
    '('  => "7",
    ')'  => "8"
);

while ( my $fastq = <PHRED> ) {
    my $substring = substr( $fastq, 0, 5 );
    push( @symbols, $substring );
}

foreach ( @symbols ) {

    my @eachsymbol = split //, $_;
    $count++;
    push( @finalphred, "\n", "Sequence_$count\n" );

    foreach my $symbol ( @eachsymbol ) {
        if ( exists( $hash{$symbol} ) ) {
            push( @finalphred, $hash{$symbol}, "\t" );
        }
    }
}

my $count_again = 0;

while ( my $fastq_again = <BASES> ) {
    my $substring_again = substr( $fastq_again, 0, 5 );
    push( @bases, $substring_again );
}

foreach ( @bases ) {
    my @eachsymbol_again = split //, $_;
    $count_again++;
    push( @finalbases, "\n", "Sequence_$count_again\n" );
    foreach my $symbol_again (@eachsymbol_again){ 
         push (@finalbases, $symbol_again, "\t");
    }
}
foreach (@finalphred){ #diagnostic to test array contents
     print "$_"; 
} 
foreach (@finalbases){ #diagnostic to test array contents
     print "$_"; 
} 
my @last = mesh @finalphred, @finalbases;

print OUT @last;

このコードを完成させるのを手伝ってくれて、そして正しい出力を得てくれてありがとう！

ボロディン

主な問題の1つは、の内容を決して印刷しないことです@eachsymbol_again。各4文字の文字列を4文字に分割し、その配列に入れますが、無視します。それは確かにあなたが言うような出力を生成しません。

また、meshそのような配列を組み合わせるのは奇妙な選択です

参考までに、配列は次のようになります

@finalphred

[
  "\n",
  "Sequence_1\n",
  1,
  "\t",
  2,
  "\t",
  3,
  "\t",
  4,
  "\t",
  "\n",
  "Sequence_2\n",
  5,
  "\t",
  6,
  "\t",
  7,
  "\t",
  8,
  "\t",
)

@finalbases

(
  "\n",
  "Sequence_1\n",
  "\n",
  "Sequence_2\n"
)

これらの2つの配列には同じ数の要素meshがないため、それらを呼び出すことはあまり意味がありません。

更新

これが実用的なプログラムです

以下のデータを使用しました

phred.txt

"#$%
&'()

bases.txt

ABCD
EFGH

Perlコード

use strict;
use warnings 'all';
use autodie;

my %xlate = map { chr($_ + 33) => $_ } 1 .. 8;

open my $phred_fh, '<', 'phred.txt';
open my $bases_fh, '<', 'bases.txt';

my $n;

until ( eof $phred_fh or eof $bases_fh ) {

    my @syms = map [ split //, substr <$_>, 0, 4 ], $phred_fh, $bases_fh;

    printf "Sequence_%d\n", ++$n;
    print join("\t", map $xlate{$_}, @{$syms[0]}), "\n";
    print join("\t", @{$syms[1]}), "\n";
    print "\n";
}

出力

Sequence_1
1   2   3   4
A   B   C   D

Sequence_2
5   6   7   8
E   F   G   H

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侵害の場合は、連絡してください[email protected]

編集2021-07-25

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