conda環境がシェルウィンドウでアクティブ化されると、環境はそのウィンドウでのみアクティブになります（つまり、永続的ではありません）。したがって、別のウィンドウでプロジェクトの場所に移動すると、「ルート」仮想環境がアクティブになります。
私は何かが足りないのですか、それともこれは意図された動作ですか？
Jupyter Notebookなどのツールに作成された環境へのアクセスを許可するにはどうすればよいですか？
あなたが名前のconda環境作成したとしましょうjupyter-env35とするconda create -n jupyter-env35 python=3.5と、今jupyterでそれを使用したいです。
環境にPythonカーネルをインストールして登録すると、グラフィカルノートブックインターフェイスから利用できるようになります。
これを行うには、最初にipythonカーネルをインストールします。
conda install -n jupyter-env35 ipykernel
次に、環境をアクティブ化し、カーネルを登録します。
source activate jupyter-env35
ipython kernel install --user --name jupyter-env35
ここでjuypterを起動するとjupyter-env35、使用可能なカーネルのリストにカーネルとして表示されます。これを選択すると、にインストールされているすべてのパッケージjuypter-env35が使用可能になります。
ノートブックインターフェイスからカーネルを削除する場合はjupyter --data-dir、、がjupyterのデータディレクトリを出力します。
印刷されたフォルダーに移動し、サブフォルダーkernelsを見つけて、カーネルの名前が付いたフォルダーを削除します（ここjupyter-env35）。その後、カーネルはjupyterに表示されなくなります。
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