次の情報を含むテキストファイルがあります。
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
MTHFR TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 4524 BCM GRCh38
SLC30A1 TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 7779 BCM GRCh38
USH2A TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 7399 BCM GRCh38
SOS1 TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 6654 BCM GRCh38
TMEM51 TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 55092 BCM GRCh38
FLG TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 2312 BCM GRCh38
FLG TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 2312 BCM GRCh38
PRDM16 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 63976 BCM GRCh38
DNAJC11 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 55735 BCM GRCh38
HNRNPCL2 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 440563 BCM GRCh38
C1orf94 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 84970 BCM GRCh38
NFYC TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 4802 BCM GRCh38
IPP TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 3652 BCM GRCh38
ご覧のとおり、複数のサンプルがあり、「Tumor_Sample_Barcode」列に基づいてファイルを複数のファイルに分割したいと思います。出力ファイルには、samplename.txtという名前を付ける必要があります。
最初の出力-TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10.txt
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
MTHFR TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 4524 BCM GRCh38
SLC30A1 TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 7779 BCM GRCh38
USH2A TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 7399 BCM GRCh38
SOS1 TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 6654 BCM GRCh38
2番目の出力-TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10.txt
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
TMEM51 TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 55092 BCM GRCh38
FLG TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 2312 BCM GRCh38
FLG TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 2312 BCM GRCh38
3番目の出力-TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10.txt
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
PRDM16 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 63976 BCM GRCh38
DNAJC11 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 55735 BCM GRCh38
HNRNPCL2 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 440563 BCM GRCh38
C1orf94 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 84970 BCM GRCh38
NFYC TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 4802 BCM GRCh38
IPP TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 3652 BCM GRCh38
このLinuxを実行するにはどうすればよいですか？
Awk 解決：
awk 'NR==1{ h=$0 }NR>1{ print (!a[$2]++? h ORS $0 : $0) > $2".txt" }' file
NR==1{ h=$0 }-1番目の行/レコードをヘッダー行としてキャプチャします（NRレコード番号を指し$0ます。-現在の行を含みます）NR > 1 -最初のレコードを除くすべてのレコードの場合：
<cond>? <operand_1> : <operand_2> -古典的な三項演算子!a[$2]++?-連想配列のキーとして使用されるバーコード値の最初の出現を確認し$2ますah ORS $0- ORS（出力レコード区切り文字、デフォルトは\n）および現在のレコードと連結された共通ヘッダー行$0print ... > $2".txt" -カスタムコンテンツまたは現在の行（何も指定されていない場合）をファイルに出力します <barcode_value>.txtまたは、よりわかりやすいバージョン：
awk 'NR==1 {header = $0; next}
!header_printed[$2]++ {print header > $2".txt"}
{print > $2".txt"}' < file
結果の表示：
$ head TCGA*.txt
==> TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10.txt <==
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
MTHFR TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 4524 BCM GRCh38
SLC30A1 TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 7779 BCM GRCh38
USH2A TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 7399 BCM GRCh38
SOS1 TCGA-BD-A2L6-01A-11D-A20W-10 6654 BCM GRCh38
==> TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10.txt <==
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
PRDM16 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 63976 BCM GRCh38
DNAJC11 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 55735 BCM GRCh38
HNRNPCL2 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 440563 BCM GRCh38
C1orf94 TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 84970 BCM GRCh38
NFYC TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 4802 BCM GRCh38
IPP TCGA-G3-A7M5-01A-11D-A33Q-10 3652 BCM GRCh38
==> TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10.txt <==
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build
TMEM51 TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 55092 BCM GRCh38
FLG TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 2312 BCM GRCh38
FLG TCGA-O8-A75V-01A-11D-A32G-10 2312 BCM GRCh38
バーコード値の15文字のシーケンスに基づいてファイル名を調整するには：
awk 'NR==1{ h=$0 }NR>1{ print (!a[$2]++? h ORS $0 : $0) > substr($2, 1, 15)".txt" }' file
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