https://stackoverflow.com/a/25770299の手順を使用して、EclipseでJUnit4に切り替えてみました。
基本的に、ビルドパス内のJUnit 3ライブラリを削除し（JUnit 3.7 jarを削除しました）、JUnit4ライブラリを追加するように指示されています。
ただし、テストクラスで次のコードを実行すると、次のようになります。
import junit.runner.Version;
System.out.println("JUnit version is: " + Version.id());
私は得る：
JUnit version is: 3.8.1
ビルドパスに他のJUnitライブラリがありません。
関連する場合、Eclipseの正確なバージョンは「IndigoService Release 1、Build id：20110916-0149」です。
これを修正してJUnit4を実行するにはどうすればよいですか？
マニフェストファイルをチェックして、junit 3.xに依存関係が残っているかどうかを確認します。またjunit、プロジェクトで検索を実行して、3.xへのリンクを保持しているファイルを確認することもできます。
最後にプロジェクトをクリーンアップ/ビルドしてみてください
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