文字列を特定の列で並べ替える

debugcn 投稿 Dev

AirelleJab

テキストファイルを並べ替える必要があります。ファイルには、改行で区切られた行が含まれています'\n'。入力例：

ATOM   1591  O5'   G A 958       5.497  -3.281   3.598  1.00 99.99           O  
ATOM   1592  C5'   G A 958       4.345  -3.184   2.781  1.00 99.99           C 
ATOM      1  P     C A 924     -12.106   6.485 -14.650  1.00 99.99           P  
ATOM      2  OP1   C A 924     -12.981   6.565 -15.850  1.00 99.99           O  
ATOM      3  OP2   C A 924     -10.829   7.256 -14.620  1.00 99.99           O 
ATOM    429 2H4    C A 947       1.295  -1.142  -0.764  1.00 99.99           H  
ATOM    430  P     G A 948      -2.886  -4.112   7.863  1.00 99.99           P

そして、私は6列目（によってそれらをソートしたい958、924など）

ATOM      1  P     C A 924     -12.106   6.485 -14.650  1.00 99.99           P  
ATOM      2  OP1   C A 924     -12.981   6.565 -15.850  1.00 99.99           O  
ATOM      3  OP2   C A 924     -10.829   7.256 -14.620  1.00 99.99           O 
ATOM    429 2H4    C A 947       1.295  -1.142  -0.764  1.00 99.99           H  
ATOM    430  P     G A 948      -2.886  -4.112   7.863  1.00 99.99           P  
ATOM   1591  O5'   G A 958       5.497  -3.281   3.598  1.00 99.99           O  
ATOM   1592  C5'   G A 958       4.345  -3.184   2.781  1.00 99.99           C

私はそれをこのようにしてみました：

splitted = pdb_data.splitlines()
sorted(splitted, key = lambda residue: int(residue.split()[5]))
pdb_data = '\n'.join(splitted)
pdb_data +='\nTER\n'

しかし、それはソートされていません。：-/

Martijn Pieters

ソートに間違った方法を使用しています。その場で並べ替えるには、次のlist.sort()方法を使用します。

splitted.sort(key = lambda residue: int(residue.split()[5]))

このsorted()関数は、元のリストをソートせずに新しいリストを返しますが、コードは戻り値を無視します。

sorted()backの戻り値をに割り当てることもできますが、splittedここではかなり非効率的です。

並べ替え自体は問題なく機能します。

>>> splitted = '''\
... ATOM   1591  O5'   G A 958       5.497  -3.281   3.598  1.00 99.99           O  
... ATOM   1592  C5'   G A 958       4.345  -3.184   2.781  1.00 99.99           C 
... ATOM      1  P     C A 924     -12.106   6.485 -14.650  1.00 99.99           P  
... ATOM      2  OP1   C A 924     -12.981   6.565 -15.850  1.00 99.99           O  
... ATOM      3  OP2   C A 924     -10.829   7.256 -14.620  1.00 99.99           O 
... ATOM    429 2H4    C A 947       1.295  -1.142  -0.764  1.00 99.99           H  
... ATOM    430  P     G A 948      -2.886  -4.112   7.863  1.00 99.99           P   
... '''.splitlines()
>>> splitted.sort(key = lambda residue: int(residue.split()[5]))
>>> pdb_data = '\n'.join(splitted)
>>> print pdb_data
ATOM      1  P     C A 924     -12.106   6.485 -14.650  1.00 99.99           P  
ATOM      2  OP1   C A 924     -12.981   6.565 -15.850  1.00 99.99           O  
ATOM      3  OP2   C A 924     -10.829   7.256 -14.620  1.00 99.99           O 
ATOM    429 2H4    C A 947       1.295  -1.142  -0.764  1.00 99.99           H  
ATOM    430  P     G A 948      -2.886  -4.112   7.863  1.00 99.99           P   
ATOM   1591  O5'   G A 958       5.497  -3.281   3.598  1.00 99.99           O  
ATOM   1592  C5'   G A 958       4.345  -3.184   2.781  1.00 99.99           C