私はソフトウェア開発の老舗ですが、パッケージングの経験はあまりありません。以前に1つのdpkgを作成しましたが、それはソースパッケージではありませんでした。
私はUbuntuアプリストアにアプリケーションを送信するように取り組んでいます。パッケージングに関するドキュメントは少し曖昧で、「Debianソースパッケージ形式」でパッケージ化する必要があると言っています。
http://developer.ubuntu.com/publish/my-apps-packages/
Debianソースパッケージのtarballをまとめることで混乱する可能性があると確信していますが、疑問に思うことがいくつかあります。
Ubuntuの人々はおそらく、アプリの購入をサポートするさまざまなプラットフォームやアーキテクチャごとにソースを取得してビルドすると思いますが、送信プロセスにはアプリが何で実行されるかを示す明確な方法がないためです（つまり、GTK3と64ビットサポート、またはIntelのみ（ARMサポートなし））、ソース形式で指定できることを期待できます。
特にソースパッケージの作成について、私に指摘できる優れた完全なドキュメントはありますか？
リンク先のページには次のように書かれています。
Canonicalは、このパッケージングサービスを無料で提供しています。
バイナリを含むtarballのレイアウト方法について説明します。
このようなtarballを作成し、MyApps経由で送信すると、すべてのパッケージ化が自動的に行われます。下部に記載されているように、必要に応じてソースパッケージを提供できますが、必須ではありません。これはクローズドソースまたはプロプライエタリアプリに固有であることに注意してください。無料で無償のものは現在、異なるプロセスを持っています。
あなたの他の質問に関して：
32対64ビットのものはどのように処理されますか？
64ビットでも機能するので、必要に応じて32ビットをアップロードできます。32ビットと64ビットをアップロードする場合は、2回ビルドして、結果を「i386」と「amd64」のサブディレクトリに配置します。
さまざまなバージョンのUbuntuのサポートはどのように処理されますか（10.04、10.10、11.04、11.10など）？
アップロードしたバイナリが送信プロセスの一部として機能するUbuntuのバージョンを指定できます。
依存関係はどのように処理されますか。たとえば、アプリがSDLに依存している場合、それを指定するにはどうすればよいですか？
これは、パッケージングプロセスの一部として追加されます。依存関係を指定するコメントを追加したい場合は、処理が高速化される可能性があります。
アプリケーションのソースコード（プロプライエタリライセンス）を配布したくない場合、ソースがアプリに付属してはならないことを示すクリーンな方法はありますか？
述べたように、ソースを提供する必要はまったくありません。
autoconf / automakeを使用していない場合、Makefileを特定の方法で設定する必要がありますか、それともautotoolsが必要ですか？
Ubuntuでサポートされているすべてのビルドシステムが許可されます。プレーンなMakefileを使用している場合は、それで問題ありません。ただし、バイナリのみをアップロードする場合は問題ありません。
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