スクリープロットスケールを主成分と同じに設定するにはどうすればよいですか？
頂点
このコマンドラインを使用して、最初の次元がほとんどの変動を示すスクリープロットを作成しました。
res.pca <- prcomp(log2(src1+1), scale. = TRUE)
res.pca
plot1 <- fviz_eig(res.pca)
plot1
サンプル（36サンプル）のSDは次のとおりです。
Standard deviations (1, .., p=36):
[1] 5.95582467 0.28407652 0.26522238 0.20868660 0.20012316 0.16888365 0.15432002 0.14181776 0.13427364
[10] 0.13116676 0.11774602 0.11533978 0.11221367 0.10495140 0.10142414 0.09890213 0.09604759 0.09339936
[19] 0.09077357 0.08893056 0.08650105 0.08548026 0.08308853 0.08097912 0.07497496 0.07413417 0.07224579
[28] 0.07124431 0.06996434 0.06759544 0.06335228 0.06141117 0.06091347 0.05944077 0.05849182 0.05754510
そして私のPCAプロットは次のとおりです。
スクリープロットの次元がPCAプロットの同じパーセンテージになるように、スクリープロットをプロットする方法を知りたいの(e.g. PC1 <- 15.55% and PC2 <- 13.82%)ですが。
StupidWolf
次のようなことができます。場合によっては、グループに関する情報をPCデータフレームにバインドする必要があります。
library(ggfortify)
library(ggplot2)
library(patchwork)
set.seed(111)
data = mtcars
# we make up a group here
data$group = sample(letters[1:3],nrow(data),replace=TRUE)
res.pca = prcomp(log2(data[,-ncol(data)]+1))
autoplot(res.pca,data=data,col="group")
次に、同じpcaを使用してスクリーを作成します。
#variance explained
varExp = (100*res.pca$sdev^2)/sum(res.pca$sdev^2)
varDF = data.frame(Dimensions=1:length(varExp),
varExp=varExp)
ggplot(varDF,aes(x=Dimensions,y=varExp)) + geom_point() +
geom_col(fill="steelblue") + geom_line() +
theme_bw() + scale_x_continuous(breaks=1:nrow(varDF)) +
ylim(c(0,100)) + ylab("Perc variance explained")
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