ブックダウンのPDF出力に苦労している

すべてを含む1つのRMarkdownドキュメントではなく、トピックごとに1つのファイルを書き込む方が快適なので、bookdownを使用してより長いレポート/プロトコルを作成することをお勧めします。今、私はこのドキュメントを共有するという問題に直面しています-HTMLは（幅の広いテーブルが切り取られていることを除いて）最もよく見えますが、たとえば上司に電子メールで送信するのは困難です。また、誰もが自分のコンピューターでePub形式を開くことができるとは期待できないので、PDFが最も簡単な選択です。今私の問題：

私の章の見出しはかなり長く、HTMLでは問題ではありませんが、PDFドキュメントのページヘッダーに適合しません。LaTeXでは、その短いタイトルを定義できますが、ブックダウンでも定義できますか？

knitr::include_graphics()コードチャンク内を使用してFigureファイルを含めるので、チャンクオプションを使用してキャプションを生成します。一部の図では、キャプションにアンダースコアを含めることを避けられませんが、LaTeXではうまくいきません。実際に機能するアンダースコアを回避する方法はありますか（できればHTMLとPDFを同時に使用する場合）？レンダリング後のLaTeX出力は次のようになります。

\textbackslash{}begin\{figure\}
\includegraphics[width=0.6\linewidth,height=0.6\textheight]{figures/0165_HMMER} \textbackslash{}caption\{Output of HMMER for PA\_0165\}\label{fig:0165}
\textbackslash{}end\{figure\}

編集

MWEは、問題がout.heightパーセント単位の（または幅）と組み合わせたアンダースコアであることを示しています。

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title: "MWE FigCap"
author: "LilithElina"
date: "19 Februar 2020"
output: pdf_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE, fig.cap="This is a nice figure caption", out.height='40%'}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

```{r pressure2, echo=FALSE, fig.cap="This is a not nice figure_caption", out.height='40%'}
plot(pressure)
```