Jupyter Rカーネルをシステムのデフォルトではなく、環境バージョンに設定します

トーマスマシュー

今日は、LinuxマシンのAnacondaにR環境をセットアップしています。目標は、バイオインフォマティクスパイプラインの依存関係を処理できるRの特定のバージョンを実行することです。

これまでのところ、Anaconda(v 4.5.4)をダウンロードしてインストールし、Rの環境を作成してアクティブ化しました。

conda create --name r_3.5.1
conda activate r_3.5.1

アクティブ化された環境で特定のバージョンのRおよびR-essentialsを検索してダウンロードしました。

conda search r-base
conda install -c conda-forge r=3.5.1
conda search r-essentials
conda install -c r r-essentials=3.5.1

ただし、jupyter-notebookこの環境でしばらく開いて、新しいRノートブックを起動し、を確認するとversion、バージョン3.2.3が実行されています。この古いバージョンは私の中にあるように見えます/usr/bin/rが、私が欲しいRバージョンは/home/me/anaconda3/envs/r_3.5.1

特定の環境でRのjupyter-notebookを開くか作成するときに、特定のバージョンのRIが必要なときに開くように指定するにはどうすればよいですか?

トーマスマシュー

環境でJupyterノートブックを開くだけでは、指定されたバージョンのRの使用を開始するのに十分ではありませんでした。

この問題を解決するために、環境内にjupyterをインストールしました。

conda install jupyter

次に、以前に間違ったRカーネルを使用していた既存のjupyterノートブックを開き、セルで実行しました。

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

version別のセルで、正しいバージョンを実行していることを確認しました。

この記事はインターネットから収集されたものであり、転載の際にはソースを示してください。

侵害の場合は、連絡してください[email protected]

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