snakemakeRスクリプトのリストのループに関する問題

発送

次のsnakefileのように、snakemakeルールのRスクリプトのリストをループしようとしましたが、エラーが発生しました。

from snakemake.utils import R

rule test:
    run:
        R("""
            print("hello!")
            a = c(1, 2, 3)
            for (i in a)
            {
                print(i)
            }
        """)

ここにエラーがあります。

RuleException:
NameError in line 12 of Snakefile:
The name '\n    print(i)\n' is unknown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them, i.e. {{print $1}}
File "Snakefile", line 12, in __rule_test
File "~/miniconda/envs/py36/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Shutting down, this might take some time.

Rで直接実行しても、コードにエラーはありませんでした。何が問題なのか、誰か考えがありますか?ありがとう。

エリックC。

{そして、}さえで、snakemakeで変数を呼び出すために使用されているrunコマンド。
あなたはそれらを逃れるためにそれらを2倍にする必要があります。

エラーメッセージは参考情報です。

名前 '\ n print(i)\ n'は、このコンテキストでは不明です。その変数を定義したことを確認してください。また、変数アクセスに使用されていない中括弧は、それらを繰り返すことによってエスケープする必要があることに注意してください。つまり、{{print $ 1}}

したがって、コードは次のようになります。

from snakemake.utils import R

rule test:
    run:
        R("""
            print("hello!")
            a = c(1, 2, 3)
            for (i in a)
            {{
                print(i)
            }}
        """)

この記事はインターネットから収集されたものであり、転載の際にはソースを示してください。

侵害の場合は、連絡してください[email protected]

編集
0

コメントを追加

0

関連記事

分類Dev

forループとリストのリストの作成に関する問題

分類Dev

リストとループに関するPythonの問題

分類Dev

アプリのインストールに関する問題

分類Dev

アプリのインストールに関する問題

分類Dev

シェルスクリプトのエコーに関する問題

分類Dev

シェルスクリプトのifステートメントに関するGrepの問題

分類Dev

awkスクリプトの結合に関する問題

分類Dev

基本的な「LightsOut」スクリプトに関するdivonclickの問題

分類Dev

スクリプトに関する権限の問題

分類Dev

スクリプトの実行に関する問題

分類Dev

PHPスクリプトのPOST変数に関する問題

分類Dev

演算子の使用に関するシェルスクリプトの問題

分類Dev

最初のシェルスクリプトの実行に関する問題

分類Dev

シェルスクリプトのifステートメントに関する問題

分類Dev

bashスクリプトからのノードパスに関する問題

分類Dev

Pythonスクリプト内のJSONデータの解析に関する問題

分類Dev

リストビューとカスタムアダプタのスクロールに関する問題

分類Dev

単純なシェルスクリプトの理解に関する問題

分類Dev

シェルスクリプト内のsudoに関する問題

分類Dev

「if [-d $ {directory}]」に関するシェルスクリプトの問題

分類Dev

シェルスクリプト内のsudoに関する問題

分類Dev

スクロールダウンJavaScriptの問題に関するスクリプト

分類Dev

React-外部スクリプトのロードに関する問題

分類Dev

Pythonリストとforループの相互作用に関する問題

分類Dev

APPのインストールに関する問題:Launcherアプリ

分類Dev

pl / pgsqlスクリプトループの制御構造に関する問題

分類Dev

forループ内のスリープに関する問題

分類Dev

Javaスクリプトのキー制御の問題に関するテトリス

分類Dev

Xunit テスト ケースでの AppDomain の使用に関する問題 - ケーキ スクリプト

Related 関連記事

  1. 1

    forループとリストのリストの作成に関する問題

  2. 2

    リストとループに関するPythonの問題

  3. 3

    アプリのインストールに関する問題

  4. 4

    アプリのインストールに関する問題

  5. 5

    シェルスクリプトのエコーに関する問題

  6. 6

    シェルスクリプトのifステートメントに関するGrepの問題

  7. 7

    awkスクリプトの結合に関する問題

  8. 8

    基本的な「LightsOut」スクリプトに関するdivonclickの問題

  9. 9

    スクリプトに関する権限の問題

  10. 10

    スクリプトの実行に関する問題

  11. 11

    PHPスクリプトのPOST変数に関する問題

  12. 12

    演算子の使用に関するシェルスクリプトの問題

  13. 13

    最初のシェルスクリプトの実行に関する問題

  14. 14

    シェルスクリプトのifステートメントに関する問題

  15. 15

    bashスクリプトからのノードパスに関する問題

  16. 16

    Pythonスクリプト内のJSONデータの解析に関する問題

  17. 17

    リストビューとカスタムアダプタのスクロールに関する問題

  18. 18

    単純なシェルスクリプトの理解に関する問題

  19. 19

    シェルスクリプト内のsudoに関する問題

  20. 20

    「if [-d $ {directory}]」に関するシェルスクリプトの問題

  21. 21

    シェルスクリプト内のsudoに関する問題

  22. 22

    スクロールダウンJavaScriptの問題に関するスクリプト

  23. 23

    React-外部スクリプトのロードに関する問題

  24. 24

    Pythonリストとforループの相互作用に関する問題

  25. 25

    APPのインストールに関する問題:Launcherアプリ

  26. 26

    pl / pgsqlスクリプトループの制御構造に関する問題

  27. 27

    forループ内のスリープに関する問題

  28. 28

    Javaスクリプトのキー制御の問題に関するテトリス

  29. 29

    Xunit テスト ケースでの AppDomain の使用に関する問題 - ケーキ スクリプト

ホットタグ

アーカイブ