SNPの違いの74x74ペアワイズ距離行列があり、最初の列と行は次のように分離株の番号に対応しています。
26482RR 25638 26230 25689RR 25954
26482RR 0 8 0 6 0
25638 8 0 8 14 8
26230 0 8 0 6 0
25689RR 6 14 6 0 6
25954 0 8 0 6 0
M = structure(c(0L, 8L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 8L, 14L, 8L, 0L, 8L,
0L, 6L, 0L, 6L, 14L, 6L, 0L, 6L, 0L, 8L, 0L, 6L, 0L), .Dim = c(5L,
5L), .Dimnames = list(c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR",
"25954"), c("26482RR", "25638", "26230", "25689RR", "25954")))
このマトリックスを、次のように、分離株の各ペアのSNPの違いの表に変換したいと思います。
Col Row SNP differences
26482RR 25638 8
26482RR 26230 0
26482RR 25689RR 6
26482RR 25954 0
25638 26230 8
25638 25689RR 14
25638 25954 8
...
このデータをプロットし、他の行列と相関させるために。私はRの初心者なので、少し検索した後、次のコードを適用することにしました。
st1076 <- read.csv("st1076.csv", header=TRUE, sep=";")
m1 <- as.matrix(st1076)
m1 <- m1[upper.tri(m1)] <- NA
m1_melted <- reshape2:::melt.matrix(m1, na.rm = TRUE)
colnames(m1_melted) <- c("Col","Row","SNP differences")
ただし、このコードを使用すると、「Col」で各分離株の番号が発生順序（1、2、3、4 ...）で取得され、それぞれの分離株番号ではありません。
Col Row SNP differences
2 X26482RR 8
3 X26482RR 0
4 X26482RR 6
他の関連する質問で見たものから、を使用melt.matrixするとこの問題は解決するはずですが、うまくいきませんでした。
なぜこれが起こったのか理解するのを誰かが助けてくれますか？それを克服する方法について何か提案はありますか？
csvから読み取る以外は、コードは正しいと思います。csvはによってデータフレームとして解釈read.csvされるため、行列を取得するにはいくつかの処理が必要です。
DF = read.csv("st1076.csv", sep=";", row.names=1, check.names=FALSE)
M = as.matrix(DF)
res <- reshape2::melt(replace(M, upper.tri(M), NA),
varnames = c("Col", "Row"),
value.name = "SNP differences",
na.rm = TRUE
)
head(res)
Col Row SNP differences
1 26482RR 26482RR 0
2 25638 26482RR 8
3 26230 26482RR 0
4 25689RR 26482RR 6
5 25954 26482RR 0
6 25692 26482RR 2
参考までに、私はこのスレッドhttps://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2010-May/237835.htmlから始めて、ヘルプファイルを調べました。?read.csv
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