ggplot2を使用してGoogleスプレッドシートの平滑化された折れ線グラフをエミュレートする

レオ

ggplot2を使用してGoogleスプレッドシートの平滑化された折れ線グラフをエミュレートしようとしています。すべてのデータポイントを通る平滑化された線を描画します。

Googleスプレッドシートでのプロット:ここに画像の説明を入力してください上下の線は、ハードコードされた信頼区間です。

データ:

library(tidyverse)
data <- tibble(
    date = seq.Date(as.Date("2018-12-01"), as.Date("2018-12-20"), by = "days"),
    var = c(0.329,0.348,0.349,0.355,0.382,0.363,0.340,0.359,0.336,0.358,0.398,0.389,0.389,0.390,0.383,0.343,0.352,0.415,0.397,0.430),
    lower = c(0.311,0.330,0.330,0.336,0.364,0.345,0.321,0.342,0.319,0.341,0.384,0.375,0.375,0.374,0.369,0.329,0.337,0.400,0.382,0.417),
    upper = c(0.347,0.366,0.368,0.374,0.400,0.381,0.358,0.377,0.354,0.375,0.413,0.404,0.403,0.405,0.397,0.357,0.368,0.430,0.412,0.444))

黄土でもほぼ同じ曲線になります。しかし、それは私に警告といくつかの点で奇妙な鋭く見える領域を与えます。

コード:

ggplot(data, aes(x = seq_along(date), y = var)) + 
    geom_point(size = 2, color = "blue", alpha = 0.2) +
    # geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ splines::bs(x, 20), se = F) +
    # stat_smooth(method = "gam", formula = y ~ s(x, k = 19), se = F) +
    stat_smooth(method = "loess", span = 0.2, se = F) +
    theme_classic() + theme(axis.line = element_line(size = 0.5, colour = "grey80"))

警告:

Warning messages:
1: In simpleLoess(y, x, w, span, degree = degree, parametric = parametric,  :
    Chernobyl! trL>n 20
2: In simpleLoess(y, x, w, span, degree = degree, parametric = parametric,  :
    Chernobyl! trL>n 20
3: In sqrt(sum.squares/one.delta) : NaNs produced

Rプロット: ここに画像の説明を入力してください

PoGibas

ただ、可視化のために、あなたは素晴らしい試すことができますggaltのでパッケージを@hrbrmstr

ggalt::geom_xspline xスプラインを描画します。

library(ggalt)
library(tidyverse)

data <- tibble(
    date = seq.Date(as.Date("2018-12-01"), as.Date("2018-12-20"), by = "days"),
    var = c(0.329,0.348,0.349,0.355,0.382,0.363,0.340,0.359,0.336,0.358,0.398,0.389,0.389,0.390,0.383,0.343,0.352,0.415,0.397,0.430),
    lower = c(0.311,0.330,0.330,0.336,0.364,0.345,0.321,0.342,0.319,0.341,0.384,0.375,0.375,0.374,0.369,0.329,0.337,0.400,0.382,0.417),
    upper = c(0.347,0.366,0.368,0.374,0.400,0.381,0.358,0.377,0.354,0.375,0.413,0.404,0.403,0.405,0.397,0.357,0.368,0.430,0.412,0.444))

ggplot(data, aes(seq_along(date), var)) + 
    geom_point(size = 2, color = "blue", alpha = 0.2) +
    geom_xspline() +
    theme_classic() + 
    theme(axis.line = element_line(size = 0.5, colour = "grey80"))

ここに画像の説明を入力してください

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