次のようなオブジェクトがあるとしましょう。
{"A":["00002","00003","00004"]}
および配列：
["00002", "00003"]
私がやろうとしているのは、オブジェクトの値をチェックし、そのキーの値がすべて配列に存在しない場合は、キーAの値がすべて配列に存在しないことをユーザーに警告します。
Aが不明な場合はどうなりますか？
.filter配列に対して実行し、すべての値が別の配列に存在するかどうかを確認できます。
var obj = {"A":["00002","00003","00004"]}
var check = ["00002", "00003"];
if(obj.A.filter(el => !check.includes(el)).length){
console.log("Some elements does not exists");
}更新：キーが何であるかわからない場合：
Object.values(obj)[0]配列にアクセスするために使用する方法は複数あります。
var obj = {"A":["00002","00003","00004"]}
var check = ["00002", "00003"];
if(Object.values(obj)[0].filter(el => !check.includes(el)).length){
console.log("Some elements does not exists");
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