Pythonのマルチプロセッシングでclick.progressbarを使用する

処理する必要のある膨大なリストがあり、時間がかかるので、4つに分割して、それぞれの部分を何らかの機能でマルチプロセスします。4コアで実行するにはまだ少し時間がかかるので、リストの処理で各プロセッサがどこにあるかを教えてくれるように、関数にプログレスバーを追加することにしました。

私の夢はこのようなものを持つことでした：

erasing close atoms, cpu0  [######..............................]  13%
erasing close atoms, cpu1  [#######.............................]  15%
erasing close atoms, cpu2  [######..............................]  13%
erasing close atoms, cpu3  [######..............................]  14%

関数のループが進むにつれて、各バーが移動します。しかし、代わりに、私は継続的な流れを得る：

など、ターミナルウィンドウを埋めます。

関数を呼び出すメインのPythonスクリプトは次のとおりです。

from eraseCloseAtoms import *
from readPDB import *
import multiprocessing as mp
from vectorCalc import *

prot, cell = readPDB('file')
atoms = vectorCalc(cell)

output = mp.Queue()

# setup mp to erase grid atoms that are too close to the protein (dmin = 2.5A)
cpuNum = 4
tasks = len(atoms)
rangeSet = [tasks / cpuNum for i in range(cpuNum)]
for i in range(tasks % cpuNum):
    rangeSet[i] += 1

rangeSet = np.array(rangeSet)

processes = []
for c in range(cpuNum):
    na, nb = (int(np.sum(rangeSet[:c] + 1)), int(np.sum(rangeSet[:c + 1])))
    processes.append(mp.Process(target=eraseCloseAtoms, args=(prot, atoms[na:nb], cell, 2.7, 2.5, output)))

for p in processes:
    p.start()

results = [output.get() for p in processes]

for p in processes:
    p.join()

atomsNew = results[0] + results[1] + results[2] + results[3]

以下は関数eraseCloseAtoms()です：

import numpy as np
import click


def eraseCloseAtoms(protein, atoms, cell, spacing=2, dmin=1.4, output=None):
    print 'just need to erase close atoms'

    if dmin > spacing:
        print 'the spacing needs to be larger than dmin'
        return

    grid = [int(cell[0] / spacing), int(cell[1] / spacing), int(cell[2] / spacing)]

    selected = list(atoms)
    with click.progressbar(length=len(atoms), label='erasing close atoms') as bar:
        for i, atom in enumerate(atoms):
            bar.update(i)
            erased = False
            coord = np.array(atom[6])

            for ix in [-1, 0, 1]:
                if erased:
                    break
                for iy in [-1, 0, 1]:
                    if erased:
                        break
                    for iz in [-1, 0, 1]:
                        if erased:
                            break
                        for j in protein:
                            protCoord = np.array(protein[int(j)][6])
                            trueDist = getMinDist(protCoord, coord, cell, vectors)
                            if trueDist <= dmin:
                                selected.remove(atom)
                                erased = True
                                break
    if output is None:
        return selected
    else:
        output.put(selected)