アプリケーションにAndroidManifest権限が設定されていないのはなぜですか

私はAndroid開発にまったく慣れていませんが、以前はJava（およびその他のプログラミング言語）を使用していました。

Android Studioを使用してアプリケーションを開発していますが、場所情報へのアクセスに関する開発者向けチュートリアル（http://developer.android.com/training/location/index.html）に従うと行き詰まります。位置情報サービスにはandroid.permission.ACCESS_COARSE_LOCATIONおよび/またはandroid.permission.ACCESS_FINE_LOCATION権限が必要であることを理解していますが、それらをApplicationManifestに追加しても、アプリケーションがSecurityExceptionでクラッシュします

java.lang.SecurityException: Client must have ACCESS_COARSE_LOCATION or ACCESS_FINE_LOCATION permission to perform any location operations.

他にも問題が発生している例がいくつかありますが、これらは通常、配置ミス（java.lang.SecurityException：ACCESS_FINE_LOCATIONまたはACCESS_COARSE_LOCATION権限が必要）、スペルミス（ACCESS_FINE_LOCATION AndroidManifest権限が付与されていない）または許可文字列の大文字と小文字が正しくありません。

これが私のApplicationManifest.xmlです

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    package="scd.tt" >

    <uses-permission android:name="android.permission.ACCESS_COARSE_LOCATION" />
    <uses-permission android:name="android.permission.ACCESS_FINE_LOCATION" />
    <uses-permission android:name="android.permission.ACCESS_NETWORK_STATE" />
    <uses-permission android:name="android.permission.INTERNET" />

    <uses-sdk
        android:minSdkVersion="14"
        android:targetSdkVersion="23" />

    <application
        android:allowBackup="true"
        android:icon="@mipmap/ic_launcher_tt_v2"
        android:label="@string/app_name"
        android:theme="@style/TT_Theme">
        <activity
            android:name=".MainActivity"
            android:theme="@style/TT_Theme.NoActionBar">
            <intent-filter>
                <action android:name="android.intent.action.MAIN" />
                <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER" />
            </intent-filter>
        </activity>
        <activity android:name=".LoginActivity" android:theme="@style/TT_Theme.NoActionBar" />
        <activity android:name=".IndexActivity" />
    </application>

</manifest>

アプリケーションがロケーション情報を取得しようとする前にHTTPサーバー（正常に実行される）と通信する必要があるため、ACCESS_NETWORK_STATEとINTERNETを削除して、他のSecurityExceptionsが発生するかどうかを確認しようとしました。

プログラムの実行時に、AndroidManifestのアクセス許可に加えた変更が更新されていないようです。また、[ビルド]メニューを使用してアプリケーションをクリーンアップして再ビルドしようとしました。

更新：

これがアクティビティのコアです。無関係なメソッドのいくつかを削除しました（onCreateOptionsMenu（）やonBackPressed（）など、場所とは関係がないため）

package scd.tt;

import android.app.AlertDialog;
import android.app.Fragment;
import android.content.DialogInterface;
import android.content.Intent;
import android.content.SharedPreferences;
import android.location.Location;
import android.os.Bundle;
import android.support.v7.app.AppCompatActivity;
import android.util.Log;
import android.view.Menu;
import android.view.MenuItem;

import com.google.android.gms.common.ConnectionResult;
import com.google.android.gms.common.api.GoogleApiClient;
import com.google.android.gms.location.LocationListener;
import com.google.android.gms.location.LocationRequest;
import com.google.android.gms.location.LocationServices;

import java.util.Map;

/**
 * Created by Liam on 08/09/2015
 */
public class IndexActivity extends AppCompatActivity implements GoogleApiClient.ConnectionCallbacks, GoogleApiClient.OnConnectionFailedListener, LocationListener {

    private GoogleApiClient mGoogleApiClient;
    private LocationRequest mLocationRequest;
    private Location mLastLocation;

    @Override
    public void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_index);
        if(debug) Log.d(TAG, "onCreate() called: savedInstanceState is " + (savedInstanceState == null ? "null" : "not null"));

        mLocationRequest = new LocationRequest();
        mLocationRequest.setInterval(10000);
        mLocationRequest.setFastestInterval(1000);
        mLocationRequest.setPriority(LocationRequest.PRIORITY_BALANCED_POWER_ACCURACY);
        buildGoogleApiClient();

        if (findViewById(R.id.index_fragment_container) != null) {
            if (savedInstanceState != null) return;

            Fragment index = new IndexFragment();
            index.setArguments(getIntent().getExtras());

            getFragmentManager().beginTransaction().add(R.id.index_fragment_container, index).commit();
        }
    }


    @Override
    protected void onStart() {
        super.onStart();
        mGoogleApiClient.connect();
    }

    @Override
    protected void onStop() {
        super.onStop();
        mGoogleApiClient.disconnect();
    }

    @Override
    public void onConnected(Bundle bundle) {
        if(debug) Log.d(TAG, "onConnected");
        mLastLocation = LocationServices.FusedLocationApi.getLastLocation(mGoogleApiClient);
        startLocationUpdates();
    }

    @Override
    public void onConnectionSuspended(int i) {
        if(debug) Log.d(TAG, "Connection Suspended");
    }

    @Override
    public void onConnectionFailed(ConnectionResult connectionResult) {
        if(debug) Log.d(TAG, "Connection Failed");
    }

    @Override
    public void onLocationChanged(Location location) {
        mLastLocation = location;
    }

    protected synchronized void buildGoogleApiClient() {
        mGoogleApiClient = new GoogleApiClient.Builder(this)
            .addConnectionCallbacks(this)
            .addOnConnectionFailedListener(this)
            .addApi(LocationServices.API)
            .build();
        if(debug) Log.d(TAG, "buildGoogleAPIClient()");
    }

    protected void startLocationUpdates() {
        LocationServices.FusedLocationApi.requestLocationUpdates(mGoogleApiClient, mLocationRequest, this);
    }
}