1,200,000の.txtファイル(データフレーム)を含むディレクトリがあります。すべてのファイルの列名は同じです(ID SEX PV YPV APV GT NEYMCA)。Rを使用して、このディレクトリ内のすべての要素のリストを作成します。
library("plyr")
library("dplyr")
library("broom")
library("tidyr")
snp_list <- list.files(pattern=".txt", all.files = T,full.names = F)
リストの各要素に関数を適用したい:
pv1= lapply(snp_list, function(x) tidy(lm(PV ~ GT*SEX + M + GT*N,x)))
しかし、私はこのエラーを受け取ります:
Error in eval(predvars, data, env) :
invalid 'envir' argument of type 'character'
9.eval(predvars, data, env)
8.model.frame.default(formula = PV ~ GT * SEX + M + GT * N, data = x, drop.unused.levels = TRUE)
7.stats::model.frame(formula = PV ~ GT * SEX + M + GT * N, data = x, drop.unused.levels = TRUE)
6.eval(mf, parent.frame())
5.eval(mf, parent.frame())
4.lm(PV ~ GT * SEX + M + GT * N, x)
3.tidy(lm(PV ~ GT * SEX + M + GT * N, x))
2.FUN(X[[i]], ...)
1.lapply(snp_list, function(x) tidy(lm(PV ~ GT * SEX + M + GT * N, x)))
助けてください !
snp_list
ファイル名の単なるベクトルであり、データを読み取る必要があります。
library(broom)
pv1= lapply(snp_list, function(x) tidy(lm(PV ~ GT*SEX + M + GT*N,read.table(x))))
read.table
データに基づいて、に引数を追加する必要がある場合があります。
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