如果其他数据框中没有该值,则熊猫从数据框中排除行

格瓦希尔

Dataframe_1如果此行中第四列的值存在于的整个第一列的任何行中,我想从熊猫中查找行Dataframe_2我需要将这些行复制到新表中。

编辑

在这里,我还包括数据框:

数据框_1:

           1       2               3  4
 0
 chr1  128611  128681  cuffs_1_128645  .
 chr1  186868  186933  cuffs_2_186901  .
 chr1  186978  187035  cuffs_3_187015  .
 chr1  187054  187122  cuffs_4_187082  .
 chr1  262712  262773  cuffs_5_262742  .

数据框_2:

                            1      2     3      4     5      6     7  8
 0
 cuffs_100001_101338862   1.24   3.11  1.86  11.19  5.59   8.08  0.62  0
 cuffs_100004_101354225   2.49   0.62  1.86   1.86  2.49   1.24  0.00  0
 cuffs_100045_101386584  14.92  14.92  3.11  10.57  5.59  15.54  0.62  0
 cuffs_100089_101719129   2.49   0.62  1.86   5.59  1.86   1.86  0.00  0
 cuffs_100111_101726996   6.84   0.00  3.73   3.11  6.84   2.49  0.62  0

这两个数据帧都是从.csv导入的,并且非常庞大,因此在这里我只放置了几行和几列。

这是我尝试的:

 import pandas as pd
 df1 = pd.DataFrame.from_csv(Dataframe_1, sep = '\t', index_col=list(range(0,1,2)), header = None)
 df2 = pd.DataFrame.from_csv(Dataframe_2, sep = '\t', index_col=list(range(0,1,2)), header = None)
 df1 = df1[df1[3] == df2[0]]
 df1.to_csv(fileout, sep = '\t', header = False)

当执行此操作时,我得到八(或大约)行响应,这些响应引用了pandas软件包文件,index.pyxhashtable.pyx我不理解。

格瓦希尔

知道了!显然,没有经过测试的用于过滤的命令,无论是过滤df1 = df1[df1[3].isin(df2[0])]还是df1 = df1[df1[3] == df2[0]]识别出代表行索引的“ 0”列。出路是导入Dataframe_2而不是分配(0,1,2)而是(1,2,3)来分配列,这将导致df2的以下格式设置:

                          0      2     3      4     5      6     7    8    
 1
 1.24   cuffs_100001_101338862   3.11  1.86  11.19  5.59   8.08  0.62    0
 2.49   cuffs_100004_101354225   0.62  1.86   1.86  2.49   1.24  0.00    0
 14.92  cuffs_100045_101386584  14.92  3.11  10.57  5.59  15.54  0.62    0
 2.49   cuffs_100089_101719129   0.62  1.86   5.59  1.86   1.86  0.00    0
 6.84   cuffs_100111_101726996   0.00  3.73   3.11  6.84   2.49  0.62    0

其中“ 0”列不再是行的索引。然后我们可以申请df1 = df1[df1[3].isin(df2[0])]注意:的应用程序df1 = df1[df1[3] == df2[0]]将引发错误消息Series lengths must match to compare

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