我正在尝试转换newick格式的树上的节点,但无法正确进行替换。说我有HashMap
:
"(1:" : "(30:"
",1:" : ",30:"
"(30:" : "(6:"
",30:" : ",6:"
和树:
(30:0.07,(1:0.06,2:0.76))
传统观点建议使用倍数replaceAll
,但这会带来一个问题:
replaceAll("(1:", "(30:") >> (30:0.07,(30:0.06,2:0.76))
replaceAll("(30:", "(6:") >> (6:0.07,(6:0.06,2:0.76))
这里的问题是我们已经替换了先前替换的节点。正确的树应如下所示:
(6:0.07,(30:0.06,2:0.76))
现在,我已经在Python中完成了此操作:
def multiple_replace(taxa, text):
regex = re.compile("|".join(map(re.escape, taxa.keys())))
return regex.sub(lambda mo: taxa[mo.group(0)], text)
但是我的Java实现遇到了麻烦:
private String convertTree (String treeOld, HashMap<String, String> conv) {
Pattern pattern = Pattern.compile("\\(\\d+:|,\\d+:");
Matcher matcher = pattern.matcher(treeOld);
StringBuilder sbt = new StringBuilder(treeOld);
while (matcher.find()) {
String replace = conv.get(matcher.group());
System.out.println(matcher.group() + "||" +replace + " || " + matcher.start() + ":"+matcher.end());
sbt.delete(matcher.start(), matcher.end());
sbt.insert(matcher.start(), replace);
}
return treeOld;
}
尽管替换似乎可以正常进行,但是对于不同大小的字符串,我无法获得完全正确的索引(如示例中所示)。有没有办法用Java做到这一点?
您可以Matcher#appendReplacement
在匹配时使用来修改您的字符串。
请注意,您的正则表达式可以简化为,[,(]\d+:
因为您的替代分支仅在第一个字符上有所不同([,(]
匹配,
或(
)。
这是一个IDEONE演示:
import java.util.*;
import java.util.regex.*;
import java.lang.*;
import java.io.*;
class Ideone
{
public static void main (String[] args) throws java.lang.Exception
{
String tree = "(30:0.07,(1:0.06,2:0.76))";
HashMap<String, String> h = new HashMap<String, String>();
h.put("(1:" , "(30:");
h.put(",1:" , ",30:");
h.put("(30:" , "(6:");
h.put(",30:" , ",6:");
System.out.println(convertTree(tree, h));
}
private static String convertTree(String treeOld, HashMap<String, String> conv) {
Pattern pattern = Pattern.compile("[,(]\\d+:"); // Init the regex
Matcher m = pattern.matcher(treeOld); // Init the matcher
StringBuffer result = new StringBuffer(); // Declare the string buffer (can be replaced with a string builder)
while (m.find()) { // Iterate through matches
if (conv.containsKey(m.group(0))) { // Check if the key exists
m.appendReplacement(result, conv.get(m.group(0))); // If yes, use the HashMap value
}
else {
m.appendReplacement(result, m.group(0)); // Else, just reinsert the match value
}
}
m.appendTail(result); // Append what remains to the result
return result.toString();
}
}
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