如何在熊猫数据框上应用Scipy功能

永不圣徒

我有以下数据框:

import pandas as pd
import io
from scipy import stats

temp=u"""probegenes,sample1,sample2,sample3
1415777_at Pnliprp1,20,0.00,11
1415805_at Clps,17,0.00,55
1415884_at Cela3b,47,0.00,100"""
df = pd.read_csv(io.StringIO(temp),index_col='probegenes')
df

看起来像这样

                     sample1  sample2  sample3
probegenes
1415777_at Pnliprp1       20        0       11
1415805_at Clps           17        0       55
1415884_at Cela3b         47        0      100

我也想使用SCIPY执行row-zscore计算使用此代码,我得到:

In [98]: stats.zscore(df,axis=1)
Out[98]:
array([[ 1.18195176, -1.26346568,  0.08151391],
       [-0.30444376, -1.04380717,  1.34825093],
       [-0.04896043, -1.19953047,  1.2484909 ]])

如何方便地将列和索引名称重新附加到该结果?

在一天结束时。它看起来像:

                               sample1  sample2  sample3
probegenes
1415777_at Pnliprp1      1.18195176, -1.26346568,  0.08151391
1415805_at Clps         -0.30444376, -1.04380717,  1.34825093
1415884_at Cela3b        -0.04896043, -1.19953047,  1.2484909
阿米·塔沃里(Ami Tavory)

文档pd.DataFrame具有:

data:numpy ndarray(结构化或均质化),dict或DataFrame Dict可以包含Series,数组,常量或类似列表的对象index:用于生成结果帧的Index或类似array的Index。如果没有输入数据的索引信息部分并且没有提供索引,则默认为np.arange(n):用于结果帧的索引或类似数组的列标签。如果未提供列标签,则默认为np.arange(n)

所以,

pd.DataFrame(
    stats.zscore(df,axis=1),
    index=df.index,
    columns=df.columns)

应该做的工作。

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