将时间序列合并到R中的混合效果模型中(使用lme4)

Wonderburg

我已经搜索了类似的问题,如果缺少相关的问题,请简短地道歉。

我正在研究在各种情况下,每个主题访问馈线30次的馈线(因变量)所花费的时间。

受试者被暴露于一种类型的饲养器,该饲养器将具有以下两种不同的组合:被香味/不被香味,具有视觉图案/空白,以及以两种空间布置之一呈现这些视觉或香味图案。

到目前为止,我的模型是:

mod<-lmer(timeonfeeder ~ scent_yes_no + visual_yes_no + 
    pattern_one_or_two + (1|subject), data=data)

如何将访问次数合并到模型中,以查看这些因素是否会随着时间的流逝而影响在馈线上花费的时间?

本·博克

您有多种选择(对于CrossValidated,此问题可能会稍好一些)。

  • 如@Dominix所建议的,您可以允许馈线的时间随时间线性增加或减少。允许此更改随鸟类而变化可能是有道理的:

    timeonfeeder ~ time + ... + (time|subject)
    
  • 可以考虑随时间变化的任意模式(即不仅是线性的):

    timeonfeeder ~ factor(time) + ... + (1|subject)
    

    在您的情况下,这可能没有意义,因为您需要进行大量观察,因此需要很多参数(如果每个人有3个时间点,则更明智)

  • 您可以通过加性模型允许更复杂的随时间变化的模式,即使用三次样条对随时间的变化建模。例如:

    library(mgcv)
    gamm(timeonfeeder ~ s(time) + ... , random = ~1|subject
    

    (1)假设各个对象的时间模式相同;(2)因为gamm()使用lme而不是lmer在后台,您必须将随机效果指定为单独的参数。(您也可以使用内部使用的gamm4包装lmer。)

  • 您可能需要考虑时间自相关。例如,

    lme(timeonfeeder ~ time + ... ,
        random = ~ time|subject,
        correlation = corAR1(form= ~time|subject) , ...)
    

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