格式化hmmlearn的数据

piman314

我试图在python中使用hmmlearn拟合隐藏的Markov模型。我假设我的数据格式不正确,但是对于hmmlearn来说,文档很浅。直观地,我会将数据格式化为n_observations x n_time_points x n_features的3维数组,但是hmmlearn似乎想要一个2d数组。

import numpy as np
from hmmlearn import hmm
X = np.random.rand(10,5,3)
clf = hmm.GaussianHMM(n_components=3, n_iter=10)
clf.fit(X)

出现以下错误:

ValueError: Found array with dim 3. Estimator expected <= 2.

有谁知道如何格式化数据以构建我要使用的HMM?

谢尔盖·列别杰夫(Sergei Lebedev)

注意:以下所有内容都与当前未发布的的0.2.0版本有关hmmlearnPyPI上可用的0.1.0版本使用从继承的其他API sklearn.hmm

为了使模型适合多个序列,您必须提供两个数组:

  • X ---来自所有序列的数据的串联,
  • lengths ---序列长度的数组。

我将通过一个示例来说明这些约定。考虑两个一维序列

X1 = [1, 2, 0, 1, 1]
X2 = [42, 42]

为了将两个序列都传递给.fit方法,我们需要先将它们连接成一个数组,然后计算一个长度数组

X = np.append(X1, X2)
lengths = [len(X1), len(X2)]

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