在python中，使用Bio.Phylo.draw（）生成系统树时，如何更改叶节点的字体大小？

MadCap 发表于 Dev

疯帽

我正在使用Biopython的Phylo软件包创建系统发育树。

对于大树，我需要减小叶节点的字体大小。已经建议更改matplotlib.pyplot.rcParams ['font.size']，但这仅允许我更改坐标轴名称和标题，因为Phylo定义了自己的字体大小。我无法在大学使用Phylo源代码，因为我正在使用它。由于Phylo.draw（）会创建自己的图形，因此无法定义图形或坐标轴。

有没有人对如何解决问题有任何建议，也许是延长y轴？

到目前为止，我正在使用以下代码来生成树：

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from cStringIO import StringIO

def plot_tree(treedata, output_file):

    handle = StringIO(treedata) # parse the newick string
    tree = Phylo.read(handle, "newick")
    matplotlib.rc('font', size=6)
    Phylo.draw(tree)
    plt.savefig(output_file)

    return

法比奥·马德拉（FábioMadeira）

Phylo.draw（）可以将轴作为参数。从Biopython中的方法文档中，您可以阅读以下内容

axes：matplotlib / pylab axes如果有效的matplotlib.axes.Axes实例，则在该Axes中绘制系统记录。默认情况下（无），将创建一个新图形。

这意味着您可以根据自己的尺寸加载自己的轴。例如

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from cStringIO import StringIO

def plot_tree(treedata, output_file):
    handle = StringIO(treedata)  # parse the newick string
    tree = Phylo.read(handle, "newick")
    matplotlib.rc('font', size=6)
    # set the size of the figure
    fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)
    # alternatively
    # fig.set_size_inches(10, 20)
    axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
    Phylo.draw(tree, axes=axes)
    plt.savefig(output_file, dpi=100)

    return