ggplot中错放的点
fugu
我正在读取这样的文件：
genes<-read.table("goi.txt",header=TRUE, row.names=1)
control<-log2(1+(genes[,1]))
experiment<-log2(1+(genes[,2]))
并将它们绘制为一个简单的散点图ggplot：
ggplot(genes, aes(control, experiment)) +
xlim(0, 20) +
ylim(0, 20) +
geom_text(aes(control, experiment, label=row.names(genes)),size=3)
但是，这些点被错误地放置在我的绘图上（参见附图）
这是我的数据：
control expt
gfi1 0.189634 3.16574
Ripply3 13.752000 34.40630
atonal 2.527670 4.97132
sox2 16.584300 42.73240
tbx15 0.878446 3.13560
hes8 0.830370 8.17272
Tlx1 1.349330 7.33417
pou4f1 3.763400 9.44845
pou3f2 0.444326 2.92796
neurog1 13.943800 24.83100
sox3 17.275700 26.49240
isl2 3.841100 10.08640
如您所见，“ Ripply3”在图表上显然处于错误的位置！
我是不是在做一些愚蠢的事情？
乔兰
由aes()所使用的函数ggplot首先在您通过提供的数据框中进行查找data = genes。这就是为什么您可以（并且应该）仅通过裸列名称（如control; ）指定变量的原因 ggplot会自动知道在哪里可以找到数据。
但是R的范围界定系统是这样的：如果在当前环境中未找到该名称的任何内容，则R将在父环境中进行查找，依此类推，直到到达全局环境，直到它找到该名称的东西为止。
因此，在数据框内aes(control, experiment)查找名为control和的变量。它会找到原始的，未转换的变量，但是当然中没有变量。因此，它一直沿环境链向上移动，直到遇到全局环境为止，在全局环境中您定义了隔离变量并使用了该变量。experiment genescontrolexperimentgenesexperiment
您打算做更多这样的事情：
genes$controlLog <- log2(1+(genes[,1]))
genese$exptLog <- log2(1+(genes[,2]))
其次是：
ggplot(genes, aes(controlLog, exptLog)) +
xlim(0, 20) +
ylim(0, 20) +
geom_text(aes(controlLog, exptLog, label=row.names(genes)),size=3)
本文收集自互联网，转载请注明来源。
如有侵权，请联系[email protected] 删除。
编辑于
相关文章
Related 相关文章
- 1
ggplot中的双点
- 2
检查桶中的物品是否可以交错放置
- 3
在ggplot中细分抖动点
- 4
错放的构造
- 5
用ggplot中的线连接分组点
- 6
在ggplot中同时绘制水平和垂直点范围
- 7
在ggplot中绘制“已知”点的模拟覆盖率
- 8
向ggplot中的散点图上的点添加双向误差线
- 9
如何在geom_point ggplot中删除点组
- 10
ggplot2中的切点直方图
- 11
用不同的线型连接ggplot2中的点
- 12
ggplot2点标签和中断中的标签
- 13
如何在ggplot中突出显示沿曲线的点
- 14
如何删除ggplot2图例中的点下的字母？
- 15
在ggplot中添加图例-点/线和线段
- 16
用线连接ggplot2图形中的点
- 17
无法更改ggplot2中点的颜色
- 18
在ggplot中绘制“已知”点的模拟覆盖率
- 19
如何对ggplot中的点和条发布相同的颜色比例
- 20
如何使用ggplot突出显示分面网格中的点？
- 21
基于 ggplot 2 中因子的颜色和大小的点的散点图
- 22
使用`jitterdodge`时在ggplot中对齐点和误差线
- 23
ggplot2 标记 R 中的散点
- 24
如何在不使用关键字“ any”的情况下修复打字稿中错放的类型
- 25
ggplot2 qplot中只有一个观察点，但有2点？
- 26
在ggplot2中绘制较亮的点和较暗的点时合并图例
- 27
ggplot中的多个线图，具有不同颜色的点和图例，用于线和点
- 28
在R ggplot中，如何在stat_qq中的点上添加标签？
- 29
ggplot在地图中的点分布
我来说两句