我已经在R,python statmodels和sklearn中使用逻辑回归进行了一些实验。尽管R和statmodels给出的结果一致,但是sklearn返回的结果存在一些差异。我想了解为什么这些结果不同。我了解到,这可能与在后台使用的优化算法不同。
具体来说,我使用标准Default
数据集(在ISL书中使用)。以下Python代码将数据读入数据框Default
。
import pandas as pd
# data is available here
Default = pd.read_csv('https://d1pqsl2386xqi9.cloudfront.net/notebooks/Default.csv', index_col=0)
#
Default['default']=Default['default'].map({'No':0, 'Yes':1})
Default['student']=Default['student'].map({'No':0, 'Yes':1})
#
I=Default['default']==0
print("Number of 'default' values :", Default[~I]['balance'].count())
“默认”值的数量:333。
共有10000个示例,只有333个阳性
我用以下
library("ISLR")
data(Default,package='ISLR')
#write.csv(Default,"default.csv")
glm.out=glm('default~balance+income+student', family=binomial, data=Default)
s=summary(glm.out)
print(s)
#
glm.probs=predict(glm.out,type="response")
glm.probs[1:5]
glm.pred=ifelse(glm.probs>0.5,"Yes","No")
#attach(Default)
t=table(glm.pred,Default$default)
print(t)
score=mean(glm.pred==Default$default)
print(paste("score",score))
结果如下
呼叫:glm(公式=“默认〜余额+收入+学生”,家庭=二项式,数据=默认)
偏差残差:最小值1Q中位数3Q最大值
-2.4691 -0.1418 -0.0557 -0.0203 3.7383系数:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -1.087e+01 4.923e-01 -22.080 < 2e-16 balance 5.737e-03 2.319e-04 24.738 < 2e-16 income 3.033e-06 8.203e-06 0.370 0.71152 studentYes -6.468e-01 2.363e-01 -2.738 0.00619
(二项式族的色散参数取为1)
Null deviance: 2920.6 on 9999 degrees of freedom Residual
偏差:在9996自由度上为1571.5,AIC:1579.5
Fisher计分迭代次数:8
glm.pred No Yes No 9627 228 Yes 40 105
1 “得分0.9732”
我懒得剪切和粘贴使用statmodels获得的结果。可以说它们与R给出的极其相似。
对于sklearn,我运行了以下代码。
~~
import sklearn
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
from sklearn.metrics import confusion_matrix
features = Default[[ 'balance', 'income' ]]
target = Default['default']
#
for weight in (None, 'auto'):
print("*"*40+"\nweight:",weight)
classifier = LogisticRegression(C=10000, class_weight=weight, random_state=42)
#C=10000 ~ no regularization
classifier.fit(features, target,) #fit classifier on whole base
print("Intercept", classifier.intercept_)
print("Coefficients", classifier.coef_)
y_true=target
y_pred_cls=classifier.predict_proba(features)[:,1]>0.5
C=confusion_matrix(y_true,y_pred_cls)
score=(C[0,0]+C[1,1])/(C[0,0]+C[1,1]+C[0,1]+C[1,0])
precision=(C[1,1])/(C[1,1]+C[0 ,1])
recall=(C[1,1])/(C[1,1]+C[1,0])
print("\n Confusion matrix")
print(C)
print()
print('{s:{c}<{n}}{num:2.4}'.format(s='Score',n=15,c='', num=score))
print('{s:{c}<{n}}{num:2.4}'.format(s='Precision',n=15,c='', num=precision))
print('{s:{c}<{n}}{num:2.4}'.format(s='Recall',n=15,c='', num=recall))
结果如下。
> ****************************************
>weight: None
>
>Intercept [ -1.94164126e-06]
>
>Coefficients [[ 0.00040756 -0.00012588]]
>
> Confusion matrix
>
> [[9664 3]
> [ 333 0]]
>
> Score 0.9664
> Precision 0.0
> Recall 0.0
>
> ****************************************
>weight: auto
>
>Intercept [-8.15376429]
>
>Coefficients
>[[ 5.67564834e-03 1.95253338e-05]]
>
> Confusion matrix
>
> [[8356 1311]
> [ 34 299]]
>
> Score 0.8655
> Precision 0.1857
> Recall 0.8979
我观察到的是class_weight=None
,的得分非常好,但是没有正面的例子被认可。精度和召回率均为零。发现的系数非常小,尤其是截距。修改C不会改变任何事情。对于class_weight='auto'
事情来说似乎更好,但我仍然有一个非常低的精度(过于积极的分类)。同样,更改C并没有帮助。如果我手动修改截距,则可以恢复R给出的结果。因此,我怀疑这两种情况下的截距的估计之间存在差异。由于这会影响到三位数的规范(模拟重采样),因此可以解释性能的差异。
但是,我欢迎在两种解决方案之间进行选择的任何建议,并有助于理解这些差异的根源。谢谢。
我遇到了类似的问题,最终在/ r / MachineLearning上发布了有关该问题的信息。事实证明,差异可以归因于数据标准化。如果数据标准化,则scikit-learn所使用的任何方法来查找模型的参数都会产生更好的结果。scikit-learn有一些讨论预处理数据(包括标准化)的文档,可以在此处找到。
Number of 'default' values : 333
Intercept: [-6.12556565]
Coefficients: [[ 2.73145133 0.27750788]]
Confusion matrix
[[9629 38]
[ 225 108]]
Score 0.9737
Precision 0.7397
Recall 0.3243
# scikit-learn vs. R
# http://stackoverflow.com/questions/28747019/comparison-of-r-statmodels-sklearn-for-a-classification-task-with-logistic-reg
import pandas as pd
import sklearn
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
from sklearn.metrics import confusion_matrix
from sklearn import preprocessing
# Data is available here.
Default = pd.read_csv('https://d1pqsl2386xqi9.cloudfront.net/notebooks/Default.csv', index_col = 0)
Default['default'] = Default['default'].map({'No':0, 'Yes':1})
Default['student'] = Default['student'].map({'No':0, 'Yes':1})
I = Default['default'] == 0
print("Number of 'default' values : {0}".format(Default[~I]['balance'].count()))
feats = ['balance', 'income']
Default[feats] = preprocessing.scale(Default[feats])
# C = 1e6 ~ no regularization.
classifier = LogisticRegression(C = 1e6, random_state = 42)
classifier.fit(Default[feats], Default['default']) #fit classifier on whole base
print("Intercept: {0}".format(classifier.intercept_))
print("Coefficients: {0}".format(classifier.coef_))
y_true = Default['default']
y_pred_cls = classifier.predict_proba(Default[feats])[:,1] > 0.5
confusion = confusion_matrix(y_true, y_pred_cls)
score = float((confusion[0, 0] + confusion[1, 1])) / float((confusion[0, 0] + confusion[1, 1] + confusion[0, 1] + confusion[1, 0]))
precision = float((confusion[1, 1])) / float((confusion[1, 1] + confusion[0, 1]))
recall = float((confusion[1, 1])) / float((confusion[1, 1] + confusion[1, 0]))
print("\nConfusion matrix")
print(confusion)
print('\n{s:{c}<{n}}{num:2.4}'.format(s = 'Score', n = 15, c = '', num = score))
print('{s:{c}<{n}}{num:2.4}'.format(s = 'Precision', n = 15, c = '', num = precision))
print('{s:{c}<{n}}{num:2.4}'.format(s = 'Recall', n = 15, c = '', num = recall))
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